Test antigénique pour un symptomatique ?
Ciesek J'ai lu hier qu'il avait été envisagé de faire un test d'antigène, puis, par exemple, de dire au patient après 15 minutes s'il était positif au SRAS-CoV-2 et de faire une PCR ensuite. Je ne suis pas en faveur de cela, je dois dire. Parce que je veux connaître le diagnostic exact des patients symptomatiques. Nous aborderons les faiblesses des tests antigéniques plus tard. J'imagine alors que c'est difficile, imaginez qu'il y a quelqu'un avec des symptômes. Le test antigénique est négatif, le patient pense alors qu'il a des rhinovirus ou un autre virus, rentre chez lui et les symptômes s'aggravent après quelques jours, se présente à l'hôpital. Et puis il y a confusion selon laquelle il a été testé négatif, devez-vous le tester à nouveau maintenant? Le diagnostic n'est souvent pas plus facile, car au bout d’un temps la charge virale n'est alors plus aussi élevée. Et puis le système immunitaire et la réponse du système immunitaire jouent également un rôle. C'est pourquoi je pense que les patients symptomatiques devraient avoir le bon diagnostic avec un test sensible, c'est-à-dire avec la PCR, pour ne pas compliquer le tout. [...]
Faux négatifs PCR
Nous faisons un prélèvement nasopharyngé et ce frottis dépend de très nombreux facteurs. Par exemple, de l'écouvillon que vous utilisez; il existe différentes qualités. Je me souviens que lorsqu’il y a eu pénurie de matériel en avril, nous avons pris chaque écouvillon et chaque tube d'écouvillon que nous recevions. Mais il y a différentes qualités. Il y a des cotons-tiges, puis il y a ce que l'on appelle les phlox swaps qui prennent beaucoup plus de matière et sont mieux adaptés.
Ensuite, il existe différents supports dans lesquels le frottis est transporté. Cela a également un impact sur le résultat. La qualité de la réalisation dépend de la technique de prélèvement ou de l'examinateur. Combien de cellules ont été absorbées? Comment l'échantillon a-t-il ensuite été stocké, par exemple. Le médecin l'a-t-il mis au soleil et l'a laissé là pendant quelques heures ou l'échantillon a-t-il été refroidi ?. Et puis avec le prélèvement dans la gorge, il est également possible que l'agent pathogène soit inégalement réparti dans l'échantillon. [...] Et tout cela joue également un rôle dans le test. […]
Test salivaire
Hennig: Il peut maintenant y avoir des alternatives à ce prélèvement de la gorge et du nasopharynx, c’est le test salivaire. Nous en avons déjà discuté ici dans le podcast. Il y a des résultats de recherche encourageants sur la valeur informative de ce test. Et bien sûr, [l’autoprélèvement] permettrait de soulager un peu le service de santé. Selon les recherches, quelles alternatives sérieuses existe-t-il?
Ciesek: Je pense qu'il y a beaucoup de gens qui font de la recherche, y compris nous. Je pense qu'il est très important d’évaluer si l’autoprélèvement peut fonctionner. Cela présente d'énormes avantages. Vous avez besoin de moins de travailleurs qualifiés et de moins de vêtements de protection pour les travailleurs qualifiés. En théorie, vous pouvez exécuter plus de tests. Et, cela ne doit pas être sous-estimé, le risque d'infection est bien moindre si les patients pouvaient faire eux-mêmes le prélèvement puis simplement déposer leurs échantillons devant la porte pour qu’un service vienne les chercher.
C'est pourquoi de nombreux efforts sont déployés pour rechercher d'autres [méthodes de prélèvement]. Par exemple, il y a une étude dans "Jama Open" parue en juillet aux États-Unis. Ils ont examiné des écouvillons nasaux. Donc non pas en passant par le nez à l'arrière de la gorge, mais un frottis du milieu du nez. Ils ont enquêté sur 185 personnes. Mais ils étaient symptomatiques, ce n'étaient pas des patients asymptomatiques. Par conséquent, les résultats ne sont pas nécessairement transférables à tout le monde, mais cela s'applique au symptomatique. Ils ont eu un écouvillon nasopharyngé et l'ont comparé à un auto-frottis du nez et ont dit que lorsque la charge virale est élevée, les résultats de la PCR étaient comparables. Cependant, il faut dire que si la charge virale n'était pas élevée, ou si la valeur Ct était supérieure à 33 dans le cas, alors il y avait souvent des faux négatifs. On peut à nouveau voir que cela dépend beaucoup de la charge virale. Et pour nuancer l'étude, c'est qu'il y avait de très nombreux participants issus du secteur de la santé. Ainsi, sur les 185, 158 travaillent dans les hôpitaux ou les soins de santé et n'étaient donc pas des profanes. Et vous devez tenir compte de cela aussi. Une autre différence était que les échantillons étaient ensuite prélevés et souvent l'auto-frottis n'était effectué que le lendemain. Donc pas le même jour que le frottis du médecin. C'est pourquoi vous devez dire dans l'étude que c'est une approche intéressante qui peut fonctionner. La seule question est, cela peut-il aussi marcher avec des profanes? Et si quelqu'un est vraiment asymptomatique, présymptomatique, contrairement à ceux qui ont été examinés ici et qui présentaient déjà des symptômes ?
[…]
Ensuite, il y a une étude du "New England Journal" du mois d'août, également des USA. Ils ont comparé des prélèvements de salive par rapport aux nasopharyngés ou oropharyngés, c'est-à-dire en frottant la gorge par le nez ou par la bouche. Fait intéressant, il y avait aussi des personnes qui n'avaient aucun symptôme. Mais c'étaient pour la plupart des employés de l'hôpital, donc les mêmes limites s'appliquent ici encore: ce n'étaient pas de vrais profanes. D'une part, ils ont comparé des patients hospitalisés, c'est-à-dire qui présentaient des symptômes. Il y avait aussi des gens qui n'en avaient pas, mais près de 500 employés de l'hôpital se faisaient également tester tous les trois jours. Et puis vous avez trouvé le SRAS-CoV-2 dans la salive de 13 personnes qui ne présentaient aucun symptôme au moment où l'échantillon a été prélevé. Et sur les 13 personnes, neuf avaient également le SRAS-CoV-2 dans le frottis nasopharyngé le même jour.
Hennig: Donc un relativement bon résultat pour le test de salive.
Ciesek: Exactement. Il est également décrit comment ils ont fait. On a fait ça le matin, en n’ayant rien mangé ni bu au préalable, ni vous êtes brossé les dents. Et le problème pour moi, c’est qu’ils utilisent des gobelets à urine. Et ils ne sont pas si petits, c'est 125 à 150 millilitres. Et il fallait remplir un tiers de cette tasse, donc un peu moins de 40 à 50 millilitres. Si vous vous levez le matin et que vous n'avez rien bu ni mangé, ce n'est pas si évident de produire 40 à 50 millilitres de salive.
[...] c'est un peu chronophage et pas si évident. C'est le seul problème. L'autre problème est au laboratoire ; quand je pense à mon laboratoire, mon MTA me tuerait si nous n'avions que des pots d'urine, car cela prend beaucoup de place. Nous avons des portoirs dans le laboratoire où s'insèrent les tubes d'écouvillon, mais les godets à urine sont beaucoup plus grands. Et si vous pensez à un millier de ces gobelets d'urine par jour, ils doivent être placés sous une armoire de sécurité, [et] logistiquement c’est plus compliqué que des tubes à écouvillon.
Ensuite, vous avez souvent le problème, surtout si vous n'avez rien mangé ou bu le matin, la salive est parfois dure et ne peut pas être très bien pipetée. Et parfois, ça mousse aussi. Et cela peut poser des problèmes lors des tests. Et [...] un tiers de tasse, je ne peux pas imaginer, par exemple, que des enfants puissent [produire] une si grande quantité de salive sans boire.
Hennig: Choisir le matin est-il pertinent? Avant avoir mangé ou bu, ou s’être brossé les dents?
Ciesek: C'est exact. Tout d'abord, la PCR peut être perturbée en se brossant les dents ou en mangeant, par exemple. Cela peut entraîner son inhibition […] il se peut que les enzymes qui s'y trouvent ne fonctionnent plus correctement et que vous n'obteniez alors aucun résultat. [...] [Pourquoi prélever à jeun?] Pour obtenir le matériel le plus représentatif possible, non dilué afin qu’il donne de meilleurs résultats. Et la chose positive à propos de cette étude est que la sensibilité de la salive, comme celles utilisées dans l'étude, était tout aussi bonne que le frottis. Eh bien, cela fonctionne, mais si vous deviez tout faire avec de la salive, ce ne serait pas facile non plus. Vous devez donc également en discuter avec le laboratoire.
Mais ce qui est également un avantage de l'étude, c'est qu'ils ont vu que la salive en tant que matériau présente moins de fluctuations dans la PCR que le frottis nasopharyngé. Et c'est un problème courant que nous constatons lorsque, par exemple, nous recevons plusieurs prélèvements nasopharyngés de patients au fil du temps, c'est-à-dire deux ou trois par jour pendant plusieurs jours, que vous pouvez voir que les valeurs CT peuvent beaucoup fluctuer. Ceci est encore une fois dû à des choses comme quel tube, quel écouvillon a été utilisé et qui a prélevé le frottis. C'est un peu plus standardisé avec la salive lorsque vous spécifiez exactement comment cela doit se faire.
Hennig: […] juste un coton-tige dans la joue pour avoir un peu de salive, cela ne suffirait certainement pas pour un tel test salivaire?
Ciesek: Non, nous avons essayé l’écouvillon dans les joues, et ce n'était pas assez sensible. Alors qu'y a-t-il d'autre, j'ai maintenant également trouvé qu'il s'agissait d'une étude plus ancienne qui n'était pas du tout liée au SRAS-CoV-2, et qu'elle date de 2017, donc pas si ancienne, mais avant le SRAS- CoV-2. Et ils ont jeté un coup d'œil, que diriez-vous de se gargariser? Le gargarisme est-il possible ou est-il judicieux comme alternative à un prélèvement de gorge? Et ils ont examiné plus de 16 000 échantillons et, parmi ces 16 000 échantillons, 79 patients ont donné un gargarisme et un prélèvement de gorge en même temps, puis plus en trois jours.
Et ces 79 patients ont ensuite été examinés et comparés à ce qui est sorti. Et il y avait des agents pathogènes, les plus courants étaient la grippe A et B et le RSV, mais les coronavirus en faisaient également partie. Et ils ont remarqué que huit de ces 79 étaient uniquement positifs dans la gorge et négatifs dans le gargarisme, la moitié d'entre eux ayant une valeur Ct supérieure à 35, ce qui signifie que la charge virale était très faible. Et 18 de ces 79 étaient seulement positifs dans le gargarisme et négatifs dans le frottis. Et la valeur Ct était supérieure à 29, donc elle était également relativement élevée. Et cela montre que c'est une alternative dans tous les cas, donc les deux méthodes ont des avantages et des inconvénients, il faut le dire.
Les selles et les eaux usées
Hennig: Nous avons déjà parlé d'échantillons de selles dans ce podcast, surtout pour tester les très jeunes enfants. Peuvent-ils également être significatifs ou les échantillons de selles ne contiennent-ils que du matériel viral inactif et mort?
Ciesek: C'est une bonne question, cela dépend beaucoup du moment où vous prélevez. Le virus peut être détecté dans les selles pendant très longtemps, plus longtemps que dans la gorge, sur plusieurs semaines. Nous l'avons déjà vu dans l'étude avec les premiers patients bavarois de M. Drosten. Il existe également quelques cas où cela peut être infectieux. [...] Si vous voulez absolument obtenir un diagnostic pour, par exemple, un patient qui est peut-être dans la deuxième ou la troisième semaine de maladie, qui se dégrade, s'il vient à la clinique et vous ne trouvez plus de virus dans la région nasopharyngée, c'est-à-dire dans la gorge [...] [pour savoir ce qui l'a] rendu malade. En général, les échantillons de selles ne sont pas faciles à manipuler en laboratoire. Il faut aussi penser un peu au personnel du laboratoire, [...] cela demande beaucoup plus d'activités manuelles, qu'un frottis. (à propos de la question de savoir si on pouvait généraliser ce test)
Hennig: En ce qui concerne les échantillons de selles, si nous ne regardons pas les diagnostics individuels, mais que l'on aimerait connaître le processus d'infection, c'est-à-dire dans quelle mesure le virus est répandu dans la population [...] Vous et votre équipe avez également étudié la question de savoir si vous pouvez avoir des indications par les eaux usées. Jusqu'où la recherche est-elle arrivée?
Ciesek: Oui, nous l'avons fait avec des collègues d'Aix-la-Chapelle. En avril, lorsque la Rhénanie du Nord-Westphalie a été gravement touchée et a eu de nombreuses infections, on a examiné neuf systèmes d'égouts pour nous, les ont distribués à travers la Rhénanie du Nord-Westphalie et nous ont apporté des échantillons d'eaux usées à Francfort. Et puis nous avons vu qu'il y avait une corrélation. Donc la quantité de virus que l'on trouve dans les eaux usées, la quantité de PCR ou de matériel génétique, est corrélée avec le nombre d'infections dans le quartier. Mais vous devez être très clair que nous n'avons pas trouvé que c'était contagieux. Il est toujours très important de le souligner. Je considère qu'il est extrêmement improbable que vous soyez infecté par ce biais. Nous avons essayé de répliquer ce virus, mais nous avons échoué. Ce sont probablement de petits segments de gènes qui sont encore présents dans les eaux usées, mais heureusement ils n'étaient pas infectieux.
Hennig: Donc adapté à la surveillance épidémiologique, mais pas besoin de s'inquiéter, pour résumer.
Ciesek: Exactement.
Le test LAMP
Hennig: Je voudrais aborder brièvement un autre test, car il y a eu des rapports en août selon lesquels le Royaume-Uni utilise de plus en plus de tests LAMP. Le RT-LAMP, dans le cas des virus à ARN, n'est pas une nouvelle méthode, mais différente qui est peut-être comparable à la PCR, avec laquelle l'acide nucléique peut être obtenu à partir d'un échantillon. Comment cela fonctionne-t-il exactement et est-ce aussi une perspective pour l'Allemagne?
Ciesek: Il existe différentes institutions de recherche qui ont développé un test LAMP ici en Allemagne, par exemple à Heidelberg ou à l'Institut Fraunhofer. L'avantage est que vous n'avez pas besoin d'un cycleur car il s'agit d'une amplification isotherme, c'est-à-dire à la même température. Mais vous avez besoin de composants similaires. Vous avez également besoin d'une enzyme. Vous avez besoin d'amorces [...] et aussi de nucléotides. Et vous n'utilisez pas ces cycles dans le cycleur, qui refroidit et chauffe, mais ce que l'on appelle des amorces, qui sont un peu plus longues et forment ensuite des boucles, ce qui signifie que le gène ou la section que vous recherchez se reproduit plus rapidement.
Hennig: On le chauffe une fois au début.
Ciesek: Exactement. Mais vous pouvez voir à partir de là, vous avez besoin des mêmes ingrédients, c’est là le problème. Un autre problème est la concurrence des fournisseurs de PCR. J'ai parlé à une entreprise qui fabrique ces nucléotides, il n’y en a très peu. Et […] vous avez toujours besoin de tubes d'écouvillon. C'est une méthode élégante [...] qui n'a jusqu'à présent trouvé que peu d'utilité dans le domaine médical. D'une manière ou d'une autre, l'étape du lancement sur le marché est encore manquante. Je pense que c'est parce que c'est encore très théorique. Il faut ensuite pouvoir l'intégrer dans tout un processus dans un laboratoire médical. Par exemple, nos cycleurs, qui ne sont alors pas nécessaires, sont connectés à notre logiciel de laboratoire et ils échangent des informations. Ils transmettent pratiquement leurs résultats à notre logiciel de laboratoire et là ce ne serait alors pas possible. Et vous devez toujours vous assurer que si vous effectuez 1000 tests LAMP, chaque patient obtienne un résultat. C'est un effort logistique insensé qui doit être ajouté.
Hennig: Ce n’est donc pas une alternative non plus, si les réactifs, c'est-à-dire les ingrédients pour le test PCR, sont épuisés, si je vous comprends bien.
Ciesek: Exactement. Et bien sûr, vous avez besoin d'un laboratoire médical accrédité et doté d'un personnel formé. Il existe des directives strictes sur ce qu'ils doivent être capables de faire et sur la manière dont ils sont formés. Vous devrez d'abord les former à une nouvelle méthode. Cela prendrait des semaines ou des mois avant que vous puissiez utiliser cela dans un laboratoire.
Quand tester?
Hennig: De nombreux médecins sont confrontés à la question: quand dois-je tester? C'est une question que nous entendons des auditeurs qui sont eux-mêmes des patients ou des médecins. Les capacités ne sont pas illimitées et les symptômes ne sont pas toujours clairs, difficiles à séparer de la grippe. Quand devrait-on un test PCR? Avec quelle constellation de symptômes?
Ciesek: Oui, le RKI recommande maintenant que soient testés tous les patients ayant des symptômes respiratoires aigus et / ou perte de l'odorat et du goût. Et bien sûr, c'est difficile, je le comprends. Si le cabinet est plein de personnes qui toussent ou ont un rhume, cela voudrait dire qu'elles doivent toutes faire un test. Il existe également une stratégie nationale de dépistage de BMG, qui prévoit également que tous les symptômes doivent être testés et avoir la plus haute priorité. Malheureusement, ils n'ont pas défini exactement ce que l'on entend par symptômes. Et je pense que c'est ce qui cause un peu de problèmes aux collègues. [...] il est logique de tester principalement ceux qui sont symptomatiques. Si j’étais en cabinet, […] je ne testerais que quelques symptômes. Cette perte de goût et d'odeur en particulier est relativement typique. Et s'il n'était pas possible de les tester tous, je ferais un questionnaire pour la pratique afin de classer le risque pour moi-même. Par exemple, je demanderais: Avez-vous effectué un voyage à l'étranger au cours des 14 derniers jours? Avez-vous eu un comportement à risque, comme des réunions de famille en intérieur ou des événements de super propagation [...] Que vous ayez eu un contact avec un positif Covid-19 est une question importante. Et je demanderais également aux patients s'il existe des facteurs de risque pour une évolution grave. Il s'agit donc d'une personne plus âgée, diabétique ou ayant des syndromes métaboliques, par exemple. […] C'est pourquoi j'essaierais de classer le risque avec un un questionnaire et ensuite tester principalement ceux qui ont un comportement à risque ou un profil à risque. Bien sûr, tous ceux qui ont une infection, tant qu'ils sont symptomatiques, devraient s'isoler et ne pas aller à une fête.
[…] Sur le plan politique, il me manque encore une définition de ces événements pour le moment, il faudrait vraiment que les événements de super-propagation les plus courants soient communiqués à la population, à l'aide d'exemples. Ce serait alors beaucoup plus facile pour l'individu de comprendre où il y a un danger ou à quoi on doit faire faire attention? |...] Ce serait bien s'il y avait une telle liste. Cela permettrait aux collègues en ville de faire plus facilement un tel questionnaire et, bien entendu, cela aiderait également les citoyens à éviter précisément ces situations.
Hennig: En ce qui concerne les symptômes, il reste difficile de faire la distinction entre la covid et la grippe. Nous en avons tous les deux parlé il y a deux semaines dans l'épisode du podcast. Quelles possibilités existe-t-il pour vérifier les deux avec un seul test et obtenir ensuite des résultats séparés?
Ciesek: Les fabricants préparent actuellement des tests, appelés PCR multiplex, capables de détecter les deux agents pathogènes. Il existe même des fabricants de tests capables de détecter plusieurs autres virus à la fois. Ils arrivent progressivement sur le marché. La grippe n'arrive généralement que plus tard dans l'année, en janvier ou en février [...] Ce n'est pas non plus inintéressant, car on a déjà vu des patients qui avaient une co-infection. Autrement dit, ils avaient les deux des agents pathogènes. C'est très rare. On ne sait pas pourquoi. […] Et bien sûr, cela aide de vous faire vacciner contre la grippe. Même si le vaccin n'offre pas une protection à cent pour cent, je n'ai personnellement pas encore vu d'évolution sévère si l'on était vacciné. Je comprends maintenant qu'une maladie grave signifie être allongé avec un ventilateur dans une unité de soins intensifs. Même si vous pouvez attraper la grippe, comme je l'ai dit, cela protège d’une évolution sévère.
Il existe des tests dits au point de service, qui sont également basés sur la PCR, qui fonctionnent avec des cartouches, que l’on pourrait même utiliser en ville. Dans la demi-heure, vous obtenez un résultat basé sur la PCR. Le seul problème est qu'il n'y a pas assez de cartouches pour cela. Donc, la production de ces entreprises n’arrive pas à suivre. Ce système devrait être réservé aux hôpitaux pour les patients gravement malades, où vous avez besoin d'un résultat très rapidement. Et bien sûr, ce serait idéal, mais j'y vois vraiment des problèmes de capacité. Et tous les laboratoires n'effectuent pas de PCR multiplex. Si vous prenez la variante la plus longue, qui met quatre ou cinq heures, c'est juste très cher. Dans certains cas, nous avons des systèmes de PCR capables de détecter plus de 20 agents pathogènes provoquant des infections respiratoires, y compris les rhinovirus et la grippe. C'est vraiment coûteux en temps et en argent. Il faut toujours se demander: quel est exactement l'avantage? Parce que beaucoup de ces agents pathogènes n'ont pas non plus de conséquence clinique. Donc, que quelqu'un ait des rhinovirus et le sache ou non n'est peut-être pas aussi essentiel pour quelqu'un qui a juste un rhume et qui consulte en ville que pour quelqu'un qui est en soins intensifs et ventilé et où vous avez besoin de savoir ce qu’il a.
