dimanche 24 janvier 2021

#NoCovid, variant anglais, les malades de l’été prochain, variant sud-africain, variants et vaccins. Podcast #72 du 19 janvier 2021

(Le début du podcast évoque l’incidence en Allemagne, les capacités hospitalières et le travail des personnels soignants, ainsi que les polémiques entre scientifiques et la nécessité de trouver des compromis pour le télétravail et les écoles afin de ne pas causer trop de dégâts)


Baisser l'incidence

Hennig: [...] bien sûr, il est utile de savoir à peu près combien de temps nous resterons dans cette situation. Jusqu'à présent, les mesures étaient souvent données jusqu’à une certaine date. C'était très frustrant pour beaucoup. Parce que cela était ensuite prolongé en raison de mauvais chiffres. Cela a-t-il un sens, par exemple, de dire que nous visons une incidence de tant, et de décider que les écoles et garderies pourront rouvrir à partir d'un certain objectif [...]?

Drosten: Il est logique de s'entendre sur une certaine incidence. Il y a des idées qui sont en partie pragmatiques et en partie scientifiquement fondées. La justification pragmatique était simple, elle est en fonction de la capacité des autorités sanitaires. [...] Il y a aussi un argument selon lequel nous devrions essayer de faire ce que quelques autres pays ont fait, incidence zéro, que cela devrait être le but. Il y a un article de plusieurs scientifiques qui ont réfléchi, qui se sont également orientés d’après ces pays et ont examiné de plus près: est-ce comparable? L'Allemagne peut-elle le faire?

Hennig: Il n'y a pas que des virologues, il faut le dire.

Drosten: Ce ne sont pas que des virologues, exactement. Cela contient également des principes sociologiquement intéressants, cette stratégie zéro-covid ou stratégie non-covid[...]. Ce n'est pas seulement basé sur des chiffres. Il ne s'agit pas de définir un nouveau seuil, mais avant tout de la manière dont on va y arriver? C'est important de regarder, pas toujours de dire: D'accord, quand nous atteindrons tel seuil, alors nous pourrons lever les restrictions. Je pense plutôt que les politiciens et les citoyens devraient être mieux informés de la façon d’y parvenir et de leurs effets. [...] si vous traitez la dynamique de ce processus d'infection - nous l'avons également répété à plusieurs reprises ici dans le podcast - il y a une augmentation exponentielle. Mais bien sûr, il y a une baisse exponentielle due aux mesures d'intervention. Cela signifie que nous parlons en fait de quelque chose comme une demi-vie. Dans l'augmentation, il y a ce concept de temps de doublement, et dans la diminution, il y a aussi le concept de demi-vie. En d'autres termes, le temps nécessaire pour que le nombre de personnes actuellement infectées diminue de moitié ou, si vous le souhaitez, pour que le nombre de personnes nouvellement infectées diminue de moitié au cours de la période, c'est-à-dire l'incidence. Et maintenant, la différence entre 50 et 25 sur 100 000 n'est finalement qu'une demi-vie. Vous n'avez donc pas à vous demander quelle est la valeur cible maintenant, il vous suffit de dire que si vous freinez et que vous êtes à 50, vous devez freiner une autre demi-vie plus longue. Ensuite, vous êtes automatiquement à 25. [...]

Les écoles, les lieux de travail et les groupes socialement difficiles à atteindre qui n'ont peut-être pas été abordés de cette manière jusqu'à présent [...]. Ensuite, le processus de freinage prend également moins de temps. La question, bien sûr, est de savoir comment décrire cela. Et cela est finalement décrit par la valeur R. Nous devons examiner la valeur R. Et il existe une règle empirique intéressante dont vous pouvez vous souvenir. Si vous avez une valeur R de 0,9 chez nous, il faut environ un mois pour que le nombre de personnes infectées diminue de moitié. Et avec une valeur R de 0,7, c'est seulement une semaine. La différence entre les valeurs 50 et 25 n'est que d'une semaine. Nous pouvons également le traduire différemment. Ensuite, la différence entre un état qui a actuellement 200 à 100 000 et un état qui est déjà à 100 à 100 000 n'est plus qu'une semaine de lockdown. Si vous pensez dans ce sens maintenant que l’incidence actuelle est élevée, alors il deviendra plus clair où se situent les objectifs. L'objectif devrait en fait être dans un lockdown […] permettant d’atteindre quelque chose comme une valeur R de 0,7.

Par exemple un Kreis (zone de la taille d’une zone d’emploi française). Nous voulons obtenir un R égal à 0,7 ici dans notre district. Vous pouvez maintenant réfléchir aux mesures à prendre pour cela. L'administrateur de district peut sonder, discuter et prendre des décisions dans sa propre région avec les parties concernées. Ensuite, vous pouvez observer. La première semaine, rien ne se passera. Dans la deuxième semaine, vous pouvez revenir sur la première semaine. Dans la troisième semaine, vous pouvez déjà revenir sur les deux premières semaines. Il est réaliste qu'après un tel temps, vous puissiez dire que nous sommes déjà à 0,7 R. Si vous regardez maintenant l'incidence, que vous obtenez également à partir des statistiques en même temps, vous pouvez calculer assez bien le temps qu'il faudra pour atteindre l’incidence souhaitée. Par exemple, 25, 10 ou 7 ou quelque chose que vous spécifiez. Je pense que c'est intéressant.

[...]

Hennig: Cela signifie que cela pourrait toujours être utile pendant que nous sommes sur le chemin, c'est-à-dire lorsque nous sommes dans un véritable lockdown, de l'accompagner de communication et de dire encore et encore: nous y sommes et nous pouvons probablement y arriver très rapidement .

Drosten: C'est vrai. Je pense donc que c'est aussi le facteur décisif du succès de cette stratégie zéro covid dans certains pays comme l'Australie etc. qui y sont parvenus. Entre autres, ils ont également réussi à mettre en valeur cet accompagnement [avec] l'autonomie des régions. […] Des zones vertes sont créées, qui peuvent alors également s'étendre dans le pays, des régions entières dans lesquelles les mesures de lockdown ne sont plus nécessaires. Que ce soit possible ou non en Allemagne, c'est une autre question. Peut-être pourrons-nous reparler des principales considérations. Mais je pense qu'il est important de se rendre compte: peu importe que vous souteniez cet objectif de zéro incidence ou que vous disiez que nous voulons avant tout que les autorités sanitaires puissent à nouveau agir [mais] la façon d’y arriver est absolument la même.

Vous ne pouvez pas faire mieux que de freiner très fort, puis de tenir un certain temps. Le facteur décisif est que le plus grand nombre de personnes dans la société doit comprendre pourquoi vous faites cela.


Hennig: Nous pouvons parler directement des conditions. Vous avez déjà cité l'Australie et la Nouvelle-Zélande comme exemples. Mais bien sûr, c'est différent si vous êtes sur une île et non entouré de nombreuses frontières comme l'Allemagne. [...] Car si l'incidence dans un pays voisin est très, très élevée, et maintenant dans le contexte du débat sur les mutants, par exemple, il sera très difficile de conserver une telle zone verte et ensuite de la maintenir verte.

Drosten: C'est juste comme ça: tant que vous avez encore une incidence élevée et que vous commencez tout juste à ralentir, cela n'a pas vraiment d'importance. Vous avez beaucoup plus de cas dans votre propre pays que vous ne pouvez en amener de l'extérieur. Mais si vous êtes plus loin sur cette voie, c'est-à-dire si vous avez déjà maintenu les freins pendant quelques semaines, ce qui sera réellement importé de l'extérieur sera décisif. Il faudra fermer. Il s'agit de voyages inter-régionaux, qui devront alors être arrêtés. À un moment donné, il s'agira également de traverser les frontières extérieures de l'Allemagne. Et comme tout cela est difficile à accomplir, il y a un argument selon lequel cela devrait être fait dans toute l'Europe, l'Allemagne pourrait montrer la voie. Ainsi, par exemple, si l'Allemagne décidait en faveur de quelque chose comme ça, les pays voisins verraient qu'on le fait de manière cohérente. «Mais attendez une minute, alors ils seront bientôt une zone verte au milieu de l'Europe. Mais ensuite, nous voulons en faire partie...» Cela peut même créer des zones de voyage et de commerce dans lesquelles il n'y a pas de limitations aux activités.

C'est donc en fait le grand avantage de toute l'idée. [ce n’est pas] décidé d'en haut: Lockdown sans explications majeures, mais plutôt que [...] c'est la responsabilité des régions. C'est l'un des principes importants de cette stratégie zéro covid. Ce principe est probablement beaucoup plus important que le nombre [à atteindre]. Il y a aussi de très bons praticiens et scientifiques qui disent que la stratégie zéro-covid ne peut pas être réalisée en Allemagne, ou en Europe en hiver, mais eux aussi conviendront [que] le chemin est le même. La motivation pour y parvenir est également meilleure et elle peut également être inversée si vous en faites une compétition régionale.

[…]

Nouveau variant

Hennig: Hier, un autre message a attiré l'attention sur le domaine de ces mutations : à Garmisch-Partenkirchen, un nouveau variant serait impliqué, séquencé dans le laboratoire de Christian Drosten. Vous riez...

Drosten: Pour être honnête, je n'étais au courant de rien. [Les médias ont parlé] "de nouvelles mutations que même M. Drosten ne connaît pas" ou quelque chose comme ça. Je dois dire qu'il y a beaucoup de mutations que je ne connais pas. C'est parfaitement normal. Ensuite, pour ce cas particulier: Nous recueillons des échantillons pour le séquençage. Et dans ce cas, comme dans beaucoup d'autres cas, c'est comme ça, on peut déjà trouver la première indication d'une mutation. Et nous testons ensuite un autre trait pour la mutation typique dont nous parlons maintenant au Royaume-Uni, le clade B.1.1.7. Il a plusieurs caractéristiques. Cela peut être détecté avec plusieurs PCR de mutation. Et nous exigeons toujours qu'au moins deux de ces fonctionnalités soient prouvées avant de dire que nous soupçonnons une telle variante. Nous informons ensuite les autorités sanitaires ou cliniques respectives. Et on leur dit : «nous devons aussi faire la confirmation par séquençage. C'est plus un formalisme, on vous dit déjà que c'est la variante britannique. Donc soyez prudent, faites un contrôle accru des infections afin qu'il ne devienne pas un cluster.»

C'est donc principalement ainsi que nous communiquons. Et dans ce cas, ce n’est pas confirmé. Nous avons vu un premier indice, mais le deuxième indice n'a pas été confirmé, la deuxième mutation PCR. Nous l'avons également communiqué. Et si je comprends bien d'après l'interview qui a été donnée, le collègue a dit exactement cela à la presse. C'est devenu une histoire dans la presse. Mais au moment où une mutation marqueur - comme on dit - est détectée et la seconde non, nous sommes soudainement perdus. Nous avons déjà une suspicion relativement concrète sur le type de variante du virus. C'est celui qui est relativement répandu en Allemagne et qui fait toujours apparaître cette première mutation marqueur positive, mais pas la seconde. Et c'est un virus dont on ne peut pas dire qu'il ait un sens, une transmissibilité accrue ou quoi que ce soit. Cependant, pour le moment, je ne peux pas dire avec certitude que c'est ce variant qui est en fait assez courant. Il faut attendre le séquençage. Et nous le faisons aussi. Il n'y a donc absolument aucune raison de s'inquiéter.

[…] On peut toujours trouver quelque chose dans le séquençage qui est très rare. Ou même quelque chose que vous voyez pour la première fois. Nous avons tous vu cela aussi. Mais même dans ce cas, il n'y a pas lieu de s'inquiéter. Dans le sens où ce virus trouvé avec quelques caractéristiques de mutation se comporterait différemment de tous les autres virus. Parce que les autres Sars Coronavirus-2 sont un problème assez important. On a donc assez à faire.


Hennig: Il faut donc faire attention à ne pas risquer de tomber dans l'alarmisme médiatique au profit d'une perception sélective avec chaque variant qui apparaît quelque part. Néanmoins, une fois de plus pour expliquer: la distinction pour laquelle vous devriez regarder de plus près les variants de Grande-Bretagne et d'Afrique du Sud et maintenant peut-être aussi du Brésil est due à la rapidité des mutations et au grand nombre de mutations dans les zones sensibles de ces variants. Peut-on le résumer ainsi?

Drosten: Si par vitesse vous entendez la transmissibilité, alors oui.


Hennig: On a aussi parlé du fait que tant de mutations apparaissent si étonnamment ensemble. Vous avez dit que peut-être qu'une branche d'arbre n'a pas été suffisamment suivie pour qu’on le remarque plus tôt.

Drosten: Exactement. De sorte que soudainement, il y a tellement de mutations dans un tel clade de virus à la fois que d'autres clades peuvent ne pas avoir cette combinaison. Mais c'est toujours un mystère de toute façon. Donc ce clade B.1.1.7, qui se trouve sur une longue branche intermédiaire. Cela signifie que la source de cette population virale n'a pas été échantillonnée depuis longtemps. La question est: où était cette population virale à l'époque? Il se peut que ce soit simplement dans un autre pays. En avons-nous déjà parlé, un autre hôte, un autre pays ou peut-être même un patient immunodéprimé, ce que je crois personnellement moins. Je crois en fait en cette hypothèse de l'autre pays. Mais nous obtiendrons une réponse à un moment donné.


Contagiosité du variant anglais

Hennig: Pouvez-vous nous donner un peu plus de réponse aujourd'hui sur la mesure dans laquelle cette variante anglaise s'est maintenant répandue en Allemagne, par exemple, et peut-être aussi sur le variant sud-africain?

Drosten: Oui, il y a de nouvelles études sur les deux sujets, une sur le virus britannique, le mutant 1.1.7, et aussi sur le sud-africain. La plus grande étude est celle venant d'Angleterre. Un autre ensemble de données a été vérifié. Nous avons déjà dit que les analyses qui ont été faites jusqu'ici en Angleterre sont qualitativement très bonnes en termes de méthodologie statistique. Ils ont juste un petit problème: ils sont en fait basés sur à peu près les mêmes données avec différents mélanges de données. Ces données sont des données de test et trace. Donc, les données des diagnostics de routine et du suivi des cas dans le domaine de la pratique privée. En Angleterre, c'est ce qu'on appelle le diagnostic du pilier 2. La zone ambulatoire a donc été établie assez rapidement. Après avoir remarqué lors de la première vague en Angleterre qu’on n'effectue pas assez de diagnostics, on a fait beaucoup de choses et on fait maintenant beaucoup plus de diagnostics qu'en Allemagne. Ceci est basé sur un bon système de coopération entre le secteur privé et certaines institutions académiques et bien sûr les institutions de santé publique. Dans l'état actuel des choses, environ 35% de tous les échantillons en Angleterre sont testés par un groupe de laboratoires commerciaux qui utilisent un système de PCR particulier. Et dans ce système de PCR, il est arrivé par hasard qu'un fragment d'amplification n'a pas réussi à montrer que ce mutant existe même. Cela n'a pas été remarqué par le séquençage, mais plutôt par l'échec de l'une des trois régions cibles dans la PCR.

Hennig: Un signal sur trois.

Drosten: Oui, exactement. C'est ce que l'on appelle l'échec de la cible S-Gene. C'est comme ça que ça s'appelle. Peut-être est-il également important de rappeler cela pour l'Allemagne. Il ne s'agit donc pas toujours de séquencer beaucoup. Alors peut-être que vous l'auriez vu un peu plus tard en Angleterre. Vous avez besoin de bons tests de laboratoire et de la détection des mutations par PCR, ce qui ne doit pas être négligé. Nous recevrons des informations sur la propagation du mutant en Allemagne au cours des prochaines semaines. Mais revenons au fait. Il a été trouvé par hasard dans certaines des répétitions anglaises. Il n'a en fait pas été étendu à ce jour, mais simplement ces données qui étaient là ont été évaluées avec des données de séquençage qui ont ensuite été faites et ont conduit aux études précédentes.

Il existe maintenant une nouvelle étude qui adopte une approche fondamentalement différente. Il s'agit d'une enquête nationale, c'est-à-dire d'une enquête nationale ciblée qui ne provient pas de diagnostics de routine, mais qui a été compilée à partir de la recherche, avec une représentativité démographique. […] Donc on demandé à un bureau de statistique une composition pour une étude représentative de la population. [...] Les très jeunes enfants ne sont pas échantillonnés dans l'étude. Pratiquement, c'était aussi une coïncidence, ils ont utilisé précisément ce test PCR là où il y a cette mutation marqueur. Et ces données ont été évaluées par une grande équipe dirigée par l'Université d'Oxford, et encore une fois avec des méthodes de haute qualité statistiquement similaires. C'est une étude impressionnante qui supprime maintenant les points d'interrogation que j'ai toujours eu avec ces données. J'ai toujours dit qu'en tant que virologue expérimental, on peut difficilement croire en un effet aussi puissant. Il faut regarder de plus près. Et maintenant, en plus des études de laboratoire virologique fonctionnel qui ne manqueront pas de venir, il s'agit d'une étude qui a approfondi l'épidémiologie. Nous pouvons maintenant redire, la constatation précédente, l'impression précédente était que nous avions une transmissibilité de 50%, peut-être même 70% en plus.

Hennig: Cet nouveau variant.

Drosten: Exactement. Et cette valeur de 70% a été très discutée dans les médias. Mais si vous vous en tenez à l'augmentation de la valeur R, il s'agit de l'extrémité supérieure de l'intervalle de confiance. Ces niveaux étaient plus susceptibles de se situer entre 45 et 70% dans diverses études. Et en même temps, c'était aussi une impression que l'on avait déjà acquise auparavant, il y a une différence dans les taux d'attaque, 15% d'infections secondaires. Si quelqu'un a le non-mutant, onze pour cent seulement des infections secondaires peuvent être observées dans cet ensemble de données dans son environnement. C'est donc un ensemble de données provenant d'une autre source, une source publique, Public Health England. Là, on a également trouvé une différence dans la transmission et on a pris ça comme une indication de la différence d'infectiosité. On a maintenant examiné ces données non perturbées, ces données collectées scientifiquement.

Hennig: Ils peuvent également examiner le nombre de non déclarés.

Drosten: Oui, ils regardent aussi les transmissions asymptomatiques. On peut dire que la transmission par jour est 6 % plus élevée qu'avec le type sauvage. Maintenant, vous ne pouvez pas comparer ces 6 % avec les 50 à 60, 70 % précédents, mais c'est par jour, il faut convertir cela maintenant. Et en fonction de ce que vous supposez être le temps d'une génération, vous devez en tenir compte, afin de pouvoir comparer avec les déclarations précédentes, vous obtenez une augmentation non pas de 50 à 70%, mais plutôt de 35% .

Hennig: Pour expliquer: le temps d'une génération d'une personne infectée à l'autre.

Drosten: Correct, des symptômes d'un patient, si nous les remarquons, à l'apparition de la maladie chez le suivant. Donc, si vous voulez passer du symptôme au symptôme, c'est la longueur de la série. Mais il s'agit du temps des générations.

Hennig: Mais ça veut dire - je vais faire un petit résumé intermédiaire: par rapport à ce qui avait circulé au début, ces données suggèrent que cet effet de ce mutant a peut-être été un peu surestimé. Ou qu'il s'est peut-être déjà un peu affaibli en termes de propagation et, surtout, de vitesse de propagation?

Drosten: Oui, je pense qu’on ne peut pas simplement dire: "Aha, avant c'était 70%, maintenant c'est 35 %. Donc c'est seulement moitié moins dangereux." C'est complètement faux de dire quelque chose comme ça. Premièrement, les 70% n'étaient qu'une limite supérieure de l’intervalle de confiance. Et ces 35% que j'ai maintenant nommés sont une estimation moyenne. Il s'agit d'une évaluation sur toute la plage du temps d'observation. Et ce constat est plus long dans cette étude que dans les études précédentes, simplement parce qu'ils ont attendu encore plus longtemps pour collecter les données. Cette étude, je voudrais peut-être le souligner, est beaucoup plus fine. Ce qu’on a fait auparavant était une estimation approximative. Ce n'était pas faux, mais c'était tellement élevé que des gens comme moi se sont interrogés. Les scientifiques qui l'ont communiqué comme ça en Angleterre l'ont également dit. Nous avons des problèmes avec nos données de base, ce sont des actes occasionnels et non des données d'étude conçues. Les données d'étude conçues sont maintenant incluses dans cette étude pour la première fois. Ensuite, il faut voir que ce n'est pas la même chose sur toute la période.

Ce n'est pas la même chose partout dans le pays. Et c'est peut-être la chose la plus importante dont il faut être conscient. Dans les données actuelles, par exemple, nous avons beaucoup de contributions de Londres, où de nombreuses infections se sont produites. Ici vous pouvez voir un développement très typique. Là, vous pouvez voir les valeurs, comme je viens de les rappeler. Mais nous voyons d'autres régions en Angleterre qui sont soit encore au tout début de ce développement, où on peut voir que le mutant est là, mais il est loin de 80%, le taux est plutôt à un chiffre. [...] Ensuite, nous avons à nouveau d'autres domaines, il est apparu une fois, mais maintenant il redescend. Et cela, remarquez, dans les conditions d'un lock-out national décidé depuis Noël. Ils ont pris des mesures très strictes en Angleterre. Cela a alors une influence sur la propagation du mutant. Ensuite, vous devez ajouter que si vous comparez entre les enregistrement individuels - ceux qui sont déjà plus avancés dans le processus et ceux qui ne font que commencer avec l'expansion du mutant - alors il y a aussi une plage de fréquences, et c'est approximativement un quart. Ainsi, si un quart des virus sont des variants, l'augmentation est la plus forte. C'est un effet qui peut en partie s'expliquer par certains comportements de variables biologiques, c'est-à-dire la croissance exponentielle. Mais vous devez également tenir compte d'autres choses, comme les effets de seuil, comme nous en avons discuté cet été. Ainsi, l'idée qu'un tel virus, et cela s'applique également à une sous-variante du virus, a besoin d'une certaine masse critique pour d'abord fermer et connecter les réseaux de transmission.

Hennig: L'étincelle qui saute d'un réseau à l'autre.

Drosten: Exactement. A cette époque, nous avons parlé de l'effet de percolation à titre d'exemple. Il existe d'autres effets de seuil qui pourraient également s'appliquer ici. Mais à partir de l'idée que cette maladie se propage par épidémies, c'est une sur-dispersion. Pour que ces épidémies débordent les unes dans les autres, il faut une certaine masse critique de virus. Vous avez donc également besoin d'une certaine masse critique de variants. Et cela n'existe peut-être pas encore dans certaines régions. Cela conduit alors à de tels effets. On ne peut que l’interpréter. Vous pouvez regarder les données telles qu'elles sont évaluées statistiquement. Ensuite, vous pouvez essayer de trouver des interprétations pour cela. Comme vous pouvez le voir, tout cela est si complexe qu'il serait maintenant complètement faux de dire qu'avant c'était tel ou tel pourcent et maintenant c'est tel ou tel de pourcent. [...] Toutes les incertitudes avec les données préliminaires ont été surmontées et nous avons les résultats sur la table. Nous avons affaire à un mutant qui se propage plus rapidement. L'étendue quantitative doit en fait être à nouveau discutée.

Cela montre aussi, par exemple, que c'est d'abord une bonne nouvelle, que tout a ralenti un peu ces derniers temps, c'est-à-dire cette augmentation des variants par rapport aux non-variants. Mais même là, il est difficile de dire quelle en était exactement la raison. Que ce soit aussi parce que les gens des régions où le variant était le plus répandu l'ont remarqué et se sont comportés avec plus de prudence... [...]. Nous ne pouvons pas le savoir en détail ici. Mais dans l'ensemble, nous sommes maintenant sur un terrain scientifiquement plus solide.

Hennig: Et dans l'ensemble, parce que vous avez déjà évoqué un peu les chiffres en Angleterre en général, le lockdown dur a déjà un effet en Angleterre. Les chiffres diminuent encore, au cours des derniers jours. Qu'est-ce que ça veut dire? Que signifie le mutant pour l'Allemagne, par exemple?

Drosten: Avec une croissance accrue de 30 ou 35%, comme nous pouvons maintenant le voir avec ces meilleures données, après une interprétation encore plus de l'ordre de 25%, vous pouvez également calculer de cette façon, vous devez toujours convertir ici, il y a maintenant quelques observations tout à fait plausibles. Cela peut être pris en compte dans les modèles. Ces modèles, qui disent, jusqu'en mars environ, tout ici ne sera dominé que par le variant, si on ne prend pas de mesures plus restrictives maintenant. C'est une perception qui a maintenant été renforcée par cette étude. Cela changera-t-il l'horizon temporel? Oui, je pense qu’on peut répondre oui. Donc, les calculs du modèle qui ont fonctionné avec les chiffres provisoires jusqu'à présent, si vous mettez maintenant à jour les nouveaux chiffres, vous verrez que le temps qu'il faut au variant pour prendre complètement en charge la population virale, cette fois est maintenant un peu plus long . Mais cela n'a aucun rapport avec le fait que nous devons faire quelque chose immédiatement pour empêcher l'expansion. Parce que nous sommes dans une situation particulière en Allemagne. Nous avons une fenêtre d'opportunité. Nous devons faire quelque chose maintenant si nous voulons influencer la germination du mutant en Allemagne. Vous ne pouvez pas bien le faire plus tard, alors il sera trop tard. Ensuite, il faudrait y aller beaucoup plus radicalement, avec des mesures beaucoup plus drastiques.

Je pense que la semaine prochaine ou la semaine suivante, nous aurons une bien meilleure idée de ce à quoi cela ressemble, c'est-à-dire du pourcentage de virus en Allemagne qui sont des variants. Mais l'impression de mes collègues est qu'il n'y avait pas trop de variant en Allemagne avant Noël [...] cela a commencé après la fin de l'année. Je ne peux pas vraiment mettre cela en termes quantitatifs. Mais mon sentiment est qu'en ce moment, nous, en Allemagne, sommes peut-être à 1 % ou même en dessous de 1 %. Nous en saurons certainement plus dans les deux ou trois prochaines semaines, car les laboratoires commencent certainement à rendre compte de leurs résultats au RKI.


Hennig: qu'est-ce qui rend cette variante tellement plus répandue? Nous en avions déjà parlé dans le passé, de la capacité de créer des liens et des rôles que tout cela joue. Les mesures que nous avons, que nous connaissons, y compris celles que je prends personnellement en portant un masque, en gardant mes distances etc fonctionnent toujours. Mais est-ce que l'importance du composant aérosol ou le rôle de l'asymptomatique augmente avec cette variante?

Drosten: Pour le moment, il est difficile de sonder où se situe exactement la transmissibilité d'une manière purement mécaniste. Une chose qui ressortira de la nouvelle étude - certains auditeurs se souviendront peut-être que dans l'avant-dernier épisode, j'ai exprimé mes doutes quant à savoir si l'excrétion du virus est vraiment très différente, c'est-à-dire la charge virale entre variant et non-variant: Cette nouvelle étude indique qu'il n'y a pas de différence. À l'époque, j'ai également expliqué quels sont les facteurs perturbateurs qui pourraient conduire à l'impression dans les données de test-and-trace que cette impression n'est probablement pas réelle. Et c'est exactement comme ça maintenant, l'impression n'était pas réelle. Il n'y a donc apparemment pas de différence de charge virale.

Hennig: Et quels que soient les symptômes, ou les asymptomatiques.

Drosten: Oui, exactement. Je ne sais même pas si cela ressort clairement de l'étude actuelle. Mais nous avons nous-mêmes également de nombreuses données sur la charge virale, qui suggèrent que la charge virale globale ne diffère pas beaucoup chez les asymptomatiques et les symptomatiques.

Nous avons maintenant l'impression qu'il n'y a pas beaucoup de différence de charge virale. Il y a d'autres explications. Cela inclut également la possibilité qu'il puisse y avoir moins de symptômes avec le variant, en particulier dans la phase précoce de la maladie. Si on imagine: je suis infecté par le virus A ou le virus B. Le virus A m'assomme, j'ai immédiatement de la fièvre et je me sens mal. Le virus B est en fait inoffensif pendant la première semaine. Le virus B se transmettra beaucoup mieux malgré la même charge virale, car je me sens toujours en forme et je ne me fais pas tester [...]. De tels effets pourraient également jouer un rôle. Ces effets ne peuvent être enregistrés avec aucune des deux études. Il y a une enquête sur la gravité. Mais cela vise le taux d'hospitalisation et la mortalité au jour 28 après le diagnostic. Cela ne vise pas spécifiquement le tableau clinique dans la phase précoce de l'infection lors de sa transmission. On ne peut donc pas répondre à cela. […]

Nous voyons que les mesures de lockdown qui ont été prises au Royaume-Uni ont fait baisser l’incidence, même dans les zones où l'incidence est très élevée, c'est là qu'il a été dit que la situation était devenue incontrôlable, comme à Londres, et l'incidence y est désormais clairement en baisse.

Cela signifie qu’avec des mesures normales de restriction de contact, on a également un effet. [...]. On a fermé les écoles et les crèches là-bas, en conservant un service minimum (d’urgence). En Angleterre aussi, on a compris, peut-être même mieux qu'ici, que les écoles sont un facteur de l'expansion, mais que surtout avec les plus jeunes, surtout pour les garderies on est un peu plus disposé à faire des compromis. Les magasins y sont également fermés. Les rues ne sont pas vides, mais on a maintenant une réglementation plus stricte pour le travail à domicile que chez nous. Ce que l’on peut dire, c’est qu’en Angleterre, on est beaucoup plus sensibilisé aux groupes sociaux moins accessibles, on s’adresse à eux par exemple, grâce à des brochures d'information dans différentes langues et en utilisant des […] leaders d'opinion.

Hennig: dans les communautés, par exemple.

Drosten: Aussi dans les médias, les communautés religieuses, cela se fait beaucoup plus activement en Angleterre qu'ici. C'est certainement l'une des raisons pour lesquelles il y a maintenant également un succès dans la réduction avec ce variant. Mais, malheureusement, je dois dire que ce succès ne fait que commencer à émerger. Vous n'êtes donc pas dans une situation où vous pouvez dire: maintenant, nous pouvons ouvrir à nouveau. Au contraire. Vous êtes à un point où vous pouvez voir que le début d'un succès est en train d'émerger.

Hennig: J'aimerais toujours voir cela comme une bonne nouvelle, car je suis toujours à la recherche de moments d'espoir pour nos auditeurs. Les mesures que nous avons maintenant fonctionnent apparemment aussi contre le variant. Et il y a une marge de manœuvre dans la communication pour savoir comment vous pouvez réellement réaliser plus encore.

Drosten: Je voudrais faire une petite objection. Si nous regardons la situation allemande, alors bien sûr, nous avons une bien meilleure chance de ne pas avoir à descendre de ce haut sommet de contaminations avec des mesures vraiment drastiques, mais avec les mêmes mesures, nous pourrions avoir la chance d'empêcher qu'elles augmentent même avec le variant. J'espère qu'il y a vraiment un effet de seuil, que le variant ne parvient pas à créer des réseaux d'épidémies dans la société allemande, mais que le variant est étouffé dans l'œuf. Il faut le faire tout de suite. Pour ce faire, il faut changer votre stratégie maintenant pour y arriver.

Hennig: De meilleures chances, je considère aussi cela comme une bonne nouvelle. Même si cela signifie de freiner plus fort.

Drosten: Oui, je pense qu’il faut juste être clair sur la situation dans laquelle nous nous trouvons. Ce n’est pas une fin en soi. Il y a un article paru ces derniers jours qui parle de fanatiques du lockdown. Je pense que c'est s'oublier d’écrire quelque chose comme ça. Il n'y a aucun fanatique du lockdown nulle part. Surtout ceux qui sont impliqués dans le conseil au politique, bien sûr, ils ne veulent pas de lockdown. Ils veulent un lockdown le plus court possible. Personne ne veut de lockdown.

Hennig: Ce n'est bien pour personne. 

Épidémie de congés maladie à venir

Drosten: Exactement. Mais c'est comme ça quand on fait face aux réalités et [qu]’on se rend compte dans quelle situation précaire nous sommes. L'idée de protéger les groupes vulnérables: cela ne fonctionne tout simplement pas. Même si cela fonctionnait, nous aurions une considération complètement différente, et cela a déjà été évoqué par la politique ces derniers jours, ainsi que d'autres voix de la science [...], à savoir cette considération que si les personnes âgées sont protégées pour le moment, soit en par une manière utopique de protéger complètement les maisons de retraite, soit en les vaccinant toutes, alors il faudra dire oui: la mortalité est en grande partie résolue et maintenant il faut relâcher les mesures.

Mais ce sera une erreur. Parce qu'alors, nous aurons beaucoup d'infections dans peu de temps. L’incidence quotidienne ne sera plus de l'ordre de 20 000, mais ce sera alors, comme vous l'avez vu parfois en Angleterre, de plus de 60 000. Comme je l'ai dit, si les personnes âgées sont vaccinées, [et qu’on laisse courir], ce sera dans les 100 000, 120 000 par jour. Il n’y aura alors pas une vaccination ou une contamination rapide de la population, au contraire. La partie immergée de l’iceberg apparaîtra alors. Et on verra soudainement une partie au-dessus de l'eau beaucoup plus volumineuse: Ce sont des personnes nettement plus jeunes qui tomberont gravement malades, car dans ces groupes d'âge plus jeunes, il y a aussi des patients à risque. Et parce que, comme on le sait, des gens peuvent tomber gravement malades et se retrouver en réanimation sans aucun facteur risque.

Ensuite, il y a autre chose, et cela est oublié par de très nombreuses voix [du monde de l’économie] dans le débat public en ce moment. Nous n'avons pas seulement quelque chose comme le covid long, avec des personnes qui s’imaginent des maladies rhumatismales et neurologiques et disent que c’est très grave, et que personne n’arrive à quantifier. Certains y croient ou les autres n'y croient pas. Au fait, j'y crois, car statistiquement, tout doit être confirmé. Mais en plus de ce débat [...] presque ésotérique, il y a quelque chose de complètement différent qui est un fait clair et qui devrait être d'un intérêt absolu pour l'économie, c'est le congé maladie. Au moment où nous levons les restrictions et où nous avons une infection rapide, nous avons un volume d’arrêts de travail énorme et malheureusement de longue durée et persistant. Les gens ne sont pas trop malades après une infection, mais ne se remettent pas toujours complètement, pendant trois ou quatre mois, ils sont toujours malades. Ils se mettront toujours en congé maladie.

En tant qu'employeur, vous ne pouvez qu’observer et réfléchir ce à quoi vous attendre lorsque vous vous trouvez dans une telle situation. Côté employeur, cela ne vous avance pas que tout le monde soit autorisé à retourner au restaurant et que les écoles soient complètement ouvertes, si la main-d'œuvre est constamment en congé maladie, et cela arrivera. C'est pratiquement certain. Pour cette seule raison, ceux qui réfléchissent à tout ce sujet d'un point de vue économique devraient simplement se rendre compte que rien n'est susceptible d'être gagné pour l'économie, mais qu’il sera rendu plutôt rendu un mauvais service à l'économie si on essaie de relâcher trop rapidement. [...] après Pâques, quand des millions de personnes auront été vaccinées parmi les personnes âgées, il y aura peut-être des arguments juridique [contre] certaines restrictions aux libertés civiles. Toutes ces discussions viendront.

[...] Il y a des débats sur ce sujet. Je peux aussi dire à partir des conseils politiques que ces discussions sur les congés maladie ne leur sont pas inconnus. Les accusations qu’on entend parfois selon lesquelles ces conseils sont dominés par des virologues ne sont que des idées. Les gens qui disent cela ne savent pas de quoi ils parlent.


Variant sud-africain

Hennig: M. Drosten. Vous avez choisi un peu de littérature sur le variant sud-africain. C'est encore un peu mince en termes de recherche. Mais il y a un groupe de modélisateurs de Londres qui ont traité de la variante anglaise. Et ils ont à nouveau examiné la variante sud-africaine en ce qui concerne la propagation du mutant là-bas, l'a modélisé. Est-il plus transmissible que d'autres ou la réponse immunitaire n'est-elle tout simplement pas suffisante contre elle? Existe-t-il vraiment un immune-escape, un virus évasif qui change parce qu'il est sous pression? Je [donne] la réponse maintenant: un peu des deux, non?

Drosten: Oui, la position 484 sur le mutant sud-africain [a changé]. Et il est relativement clair que cela est plus susceptible d'être accompagné d’un immune-escape qu'avec le variant 1.1.7 de Grande-Bretagne. Il existe un document de travail. Vous ne pouvez pas encore vraiment appeler cela un article scientifique. C'est un "work in progress".

Hennig: Je crois que c'est trois pages.

Drosten: C'est juste en train d'émerger. Mais ils l'ont mis sur leur site Web. Ce qu'ils ont fait là-bas, c'est qu'ils ont utilisé un modèle déjà établi, dont nous avons également discuté dans le dernier podcast. C'est le modèle de la London School qui a déjà été appliqué au mutant 1.1.7. Et maintenant, des données un peu plus grossières disponibles en Afrique du Sud y ont été introduites et le modèle a été calibré avec. On a tenu compte de la propagation du virus lors de la première vague, à la fois avant et après les interventions non pharmaceutiques. Ensuite, le modèle a été établi de manière à montrer l'évolution de l'incidence au cours de l'été, avec un certain effet de vaccination. Nous avons déjà parlé dans un épisode précédent du fait que dans certaines communes d'Afrique du Sud, une séroprévalence de 40% a été trouvée. En d'autres termes, il faut supposer que quelque chose comme une immunité collective a déjà été obtenue, au moins localement.

Hennig: Prouvée avec les anticorps.

Drosten: Exactement. Ces données de séroprévalence sont locales, qui sont également connues. Elles ont été introduits dans le modèle dès les premiers jours. Ensuite, cela s'est poursuivi sur le développement de l'infection. La bonne chose à ce sujet est qu'il s'agit d'un modèle mathématique dans lequel le nombre d’immunisés est également modélisé. Et il existe déjà une quantité considérable d'immunité. Cela peut être cartographié dans le calibrage du modèle. Ensuite, vous voyez comment le modèle continue de calculer dans les conditions données. Cela signifie que de plus en plus de personnes immunisées sont ajoutées. Dans ces conditions, et c'est la première constatation de ce document de travail, le modèle a vu qu'il n'y aurait en fait plus de deuxième vague en Afrique du Sud. Mais il y a eu une deuxième vague au cours des dernières semaines, associée au fait que la nouvelle variante en Afrique du Sud a pris le dessus en termes quantitatifs. On peut maintenant supposer deux variantes différentes du modèle. Vous pouvez maintenant dire que nous supposons que ce virus n'a pas du tout immune-escape. Cela dit, cela est tout aussi affecté par l'immunité collective que le virus qui existait auparavant et qui ne devrait pas avoir de deuxième vague. Et maintenant on se pose la question pour cette deuxième vague qui se produit de toute façon: une transmissibilité accrue doit en être la raison.

Hennig: Parce qu'il doit chercher des hôtes et n'en trouve plus autant.

Drosten: Exactement, donc il doit être transmissible pour qu'il y ait une vague à nouveau. Et il y a le résultat, avec l'hypothèse de base de 0 % immune-escape, alors le virus aurait besoin d'une transmissibilité 1,5 fois accrue pour le phénomène que vous voyez maintenant dans la réalité. C'est donc la même chose que pour le variant anglais, avec les premières données qui sont arrivées qui disent que l'estimation R se situe autour d'1,5 au lieu de 1. Donc à 150 % de la valeur de départ. Ensuite, il y a une contre-hypothèse qui dit, réfléchissons, comment serait-ce si ce virus ne se transmettait pas plus facilement? Tel est également mon sentiment. Si cet variant n'est pas plus contagieux, que doit faire l’immune-escape pour arriver à une seconde vague malgré le modèle, malgré nos hypothèses? Le modèle contient déjà un certain nombre d'immunisés qui ne peuvent plus être infectés. Combien faut-il alors de réinfections? Combien devons-nous en retirer du modèle en principe pour que nous ayons à nouveau la prédiction d'une deuxième vague, de la taille telle que nous l'avons réellement observée?

Hennig: Pour que l'hypothèse corresponde à la réalité.

Drosten: [...] Il faut 21% d’immune-escape, si l'on suppose que ce virus est contagieux dans les mêmes proportions. Maintenant, à la fin, disent les auteurs, c'est peut-être quelque chose entre les deux. Peut-être que la vérité est quelque part au milieu. Donc, le virus est peut-être un peu plus contagieux, mais en même temps, il fait un peu d'immune-escape. Cependant, sur la base des données de laboratoire qui circulent ici et là sur ce mutant, je peux également imaginer qu'il représente en fait 20% d'immune-escape et qu'il n'est pas aussi hautement transmissible. Nous devons voir cela. J'espère que nous pourrons avoir les premières données de laboratoire dans deux semaines. Au moins pour le variant britannique.

Hennig: 20% immune-escape, [qu’est-ce que ça signifie]?

Drosten: Il peut y avoir plusieurs interprétations en termes quantitatifs. Tout d'abord, 20% des immunisés peuvent être infectés. Ce serait une possibilité, si vous réfléchissez en noir et blanc. Mais il se peut aussi que certaines parties changent.

Hennig: Des parties de quoi?

Drosten: Eh bien, que certaines personnes qui sont partiellement immunisées excrètent selon les circonstances assez de virus pour que quelqu'un d'autre soit infecté. Cela signifie que la valeur R est plus faible chez ces personnes, que la réduction du R chez ces personnes s’exprime d'une manière différente, c'est-à-dire moins prononcée. Ce ne sont pas des valeurs rigides, ces distributions, ces courbes, elles peuvent se décaler.

Hennig: Cela signifie que cette sur-dispersion peut revenir en jeu. Certains sont responsables de plus de transmissions, certains infectés, d'autres moins.

Drosten: Exactement. 

Hennig: Donc, l'essentiel est que nous devons nous en tenir au fait qu'il reste encore de nombreuses questions sans réponse. Mais nous devons aussi garder un œil sur ce variant sud-africain pour l'Europe.

Drosten: Nous devons absolument garder un œil sur eux, car c'est certainement l'un des variants d'immune-escape possibles, avec le variant brésilien. Il y a ces discussions à propos d’un changement dans la vaccination ou la vaccination, pouvons-nous produire des variants d'immune-escape? Je crains plutôt que les variants d'immune-escape viennent simplement de là où l'infection est naturellement relativement incontrôlée et où il y a une pression de sélection constante dans la population sur le virus, et le virus y échappe, donc nous ne produisons pas de variants d'immune-escape via la vaccination, mais ils viennent de l'extérieur.

Variants et vaccins

Hennig: […] Nous ne savons pas encore avec certitude si le vaccin peut réellement agir contre une combinaison de ces mutations.

Drosten: Oui, tout cela est certainement correct en ce qui concerne la formation d'anticorps. Et comme je l'ai dit, je ne peux que faire allusion à cela, les toutes premières données de laboratoire informelles se rassemblent, qui suggèrent qu'il existe vraiment un immune-escape contre les anticorps avec le variant sud-africain. Mais nous n'avons pas que des anticorps dans l'immunité. Nous avons également une immunité avec les lymphocytes T qui est induite, je reste donc confiant quant à l'efficacité de la vaccination. Pour le moment, nous devrions concentrer notre attention sur la fenêtre d'opportunité actuelle avec l'hypothèse que le variant sud-africain pourrait peut-être être plus contagieux, le variant anglais l'est avec une grande certitude. Attention, je n'ai pas pu confirmer cela la dernière fois, mais le variant sud-africain est déjà arrivé en Allemagne. […] cela doit être combattu maintenant.

Hennig: dernière question: si à un moment donné des mutants rendent une vaccination inefficace, du moins en ce qui concerne ces nouveaux variants, Biontech dit: Nous pouvons ajuster le vaccin très rapidement, en quelques semaines, quatre à six semaines. Que dites-vous, cela s'applique-t-il théoriquement à tous les vaccins dont on discute actuellement? Le prochain sera d'AstraZeneca, qui devrait être approuvé en Europe, avec un vaccin vecteur.

Drosten: Avec Biontech et d'autres vaccins à ARN, c'est particulièrement facile. Mais ce n'est pas non plus l'étape la plus décisive avec ces autres vaccins, les vaccins vecteurs. Donc, insérer quelques mutations ne représente pas vraiment une grosse difficulté, d’un point d evue biologie moléculaire, on peut le faire en deux ou trois semaines. Le problème réside, et je ne peux pas du tout répondre ici, [dans les] exigences supplémentaires pour l'approbation […] je ne suis pas un expert en vaccination.

dimanche 10 janvier 2021

Vaccination et mutant, 2e dose, quel lockdown en Allemagne? Podcast #70 du 5 janvier 2021 [partie 2]


[…]

Quelles interventions ? 


Drosten: Il est pratiquement garanti que nous verrons cette variante sud-africaine tout comme la variante anglaise en Allemagne dans les prochains jours ou semaines. Ou peut-être que mon instinct est correct que cette variante se trouve déjà en Allemagne. La question est: que faisons-nous avec ça? Comment le contenir? Je ne pense pas, par exemple, que nous aurons bientôt un gros problème avec le variant anglaise. Même s’il est davantage transmissible. Parce que nous avons des interventions non pharmaceutiques à l'œuvre en Allemagne en ce moment. La question maintenant, qui se pose également politiquement, est la suivante: quelle décision prendre? Comment les interventions non pharmaceutiques, le lockout, se poursuivront-elles en Allemagne? Comment évitera-t-on la propagation de tels mutants déjà introduits au moyen de telles mesures? C'est ce que ces mesures vont certainement faire. C'est bon à savoir. Et puis la question: peut-on faire quelque chose aux frontières? Je suis quelqu'un qui disait au début de la pandémie que cela a longtemps été inutile. Le virus est présent depuis longtemps dans le pays. J'ai aussi dit cet été que tous ces tests ne changeaient pas grand-chose au cours de l’épidémie. Mais maintenant, dans cette situation particulière, je dois vraiment dire: on n’a que cette fenêtre d'opportunité pour faire la prévention. Nous avons également créé beaucoup plus d'infrastructures. Les laboratoires sont bien équipés. […] Et je pense que pour le moment, il serait souhaitable, au moins pendant un certain temps, de l'examiner de près. [...] je pense que ce serait maintenant une opportunité pour empêcher plus de ces mutants peu connus de prendre pied ici. C'est important.

Hennig: À l'heure actuelle, nos auditeurs en savent déjà plus que nous à propos des décisions des Länder et de la chancelière. Ce qui est certain, c'est que les écoles sont fermées. Et aussi amer que cela puisse être pour beaucoup, il est maintenant clair que cela peut évidemment jouer un rôle majeur. Parce qu'en Grande-Bretagne on a vu que la variante s'est répandue, lors d'un lock-out, mais avec des écoles ouvertes.

[...]

Drosten: [...] Je pense qu'il devient de plus en plus clair que les écoles apportent une contribution significative au processus d'infection. Il deviendra également encore plus clair dans les prochaines semaines sur la base de données qui existent déjà, mais qui devront peut-être être discutées plus clairement. Mais il y a d'autres choses. Ce ne sont pas seulement les écoles; les transports, à la fois locaux et de longue distance à travers l'Allemagne... [en Irlande où ils ne pouvaient être occupés qu’à 25%] […]

Ce serait une autre mesure. Dans d'autres pays, dont l'Irlande, il existe des réglementations beaucoup plus strictes pour le travail à domicile. Le télétravail est la norme. Et l'employeur doit prendre des précautions supplémentaires s'il ne veut pas respecter cette règle. Ainsi, par exemple, on pourrait dire à l'employeur: si vous voulez voir vos employés au bureau tous les jours, vous devez les tester deux fois par semaine. [...] Et puis, une chose qui est très importante et qui a été partiellement oubliée en Allemagne, c'est qu'il y a aussi des travailleurs qui ne peuvent pas travailler à domicile. [...] Je pense que là, il faut regarder à nouveau du côté politique pour voir ce que l'on peut réellement y faire. Surtout s'il devait arriver que nous ayons un autre problème plus important avec ces mutants, qui sont peut-être alors vraiment plus courants en Allemagne dans nos conditions. Si tel est le cas, on doit au moins réfléchir jusqu'à Pâques. Nous n'avons pas seulement un problème jusqu'à fin janvier (date prévue pour lever les restrictions ndt), mais durant toute cette période froide, la saison grippale, qui dure jusqu'à la fin mars/Pâques. Ensuite, nous avons de nouvelles vacances, où les écoles sont fermées de toute façon. Et il fait aussi plus chaud après les vacances. En mai la situation changera certainement. Et d'ici là, nous aurons bien sûr également plus de vaccins. Tout ça est bien. Mais je pense que notre horizon de pensée en ce moment, l'horizon de l'action politique, doit être jusqu'à Pâques.

Il existe ces groupes professionnels, qui constituent également une grande partie de la main-d’œuvre du pays, qui n’ont pas encore été spécifiquement étudiés. Donc, dans certaines entreprises, on peut peut-être faire plus grâce à des tests antigéniques. Le RKI a déjà [énoncé des recommandations pour l’utilisation de ces tests dans les entreprises médicales]. Mais cela pourrait également être étendu à d’autres lieux de travail. Je n'en sais rien, je le dis seulement parce que je sais, en discutant avec d'autres scientifiques, dans d'autres pays, y compris l'Angleterre, qu'il y a une discussion très intense sur ce qui peut encore être fait à ces moments-là. Cela comprend également la possibilité de modifier les priorités de vaccination. […] Dans certaines classes sociales, groupes à faible revenu, [...] [où] il n’y a pas de sécurité d'emploi, il y a peut-être risque de perdre son emploi […] Je viens de relire les contributions d'autres scientifiques anglais. Dans certaines familles, certains ménages, où il y a une tendance à ne pas pouvoir s'isoler du tout quand on est malade, ce qui conduit alors pratiquement inévitablement à une nouvelle transmission, pourquoi ne pas rendre une chambre d'hôtel disponible? Donc ce modèle asiatique de quarantaine des ménages, où le cas d'index est en quarantaine hôtelière. En effet, de telles choses semblent être en discussion en Angleterre en ce moment. On ne peut qu'espérer que nous, en Allemagne, agissions suffisamment tôt. Nous ne sommes pas dans une situation désespérée ici. Nous avons encore une marge de manœuvre, nous ne sommes pas dans la même situation qu'en Angleterre. Mais je pense qu'il est important de penser au moins à ce domaine auparavant négligé. Ne pas toujours dire que fermer les écoles est le seul moyen. La fermeture des écoles est certainement un outil efficace. Mais bien sûr, il y a un préjudice social. [...] Et c'est tout simplement mauvais si un jour on découvre que cette épidémie est finalement corrélée à un écart de revenu. Nous devons donc vraiment empêcher cela.


Hennig: D'autant que ces facteurs, en particulier les pertes causées par la fermeture des écoles, les retards scolaires[...] frappent les familles qui sont également affectées par d'autres facteurs socio-économiques. C'est bien documenté. Je pense aussi, par exemple, aux emplois qui sont importants en ce moment dans le lock-out. Les livreurs mal payés [...] Nous avons eu un peu toute cette discussion avec les abattoirs. Mais ensuite, cette discussion a disparu, il faut le dire.

Drosten: Exactement. Il est important de recommencer cette discussion sur les abattoirs maintenant. […] le principe peut déjà être généralisé à de nombreux domaines professionnels, à de nombreux domaines sociaux, peut-être dans les grandes villes comme ici à Berlin également certains quartiers de la ville où vivent simplement des personnes socialement défavorisées, une combinaison de mesures de facilitation et aussi d'éducation.


Vaccination et mutants


Hennig: Vous venez de mentionner le vaccin [...] La grande question, bien sûr, comme nous l'avons déjà abordé avec les mutations, est que la réponse immunitaire peut ne pas être aussi gravement affectée. C'est pourtant la question: n’y aura-t-il pas de conséquences sur les vaccins? Chez BioNTech, ils disent qu’ils ne le pensent pas, mais qu’ils doivent faire des recherches. Pourquoi la recherche ne prévoit-elle pas que les vaccins pourraient être affectés? Il s'agit de positions sur la protéine du spike.

Drosten: Il y a deux arguments importants contre le fait qu'une telle mutation amènera à tout renverser. Une chose est que nous n'avons pas d'anticorps monoclonaux dans notre sérum, mais des anticorps polyclonaux. Autrement dit, il y a beaucoup de sites de liaison. Si quelque chose change, ce n'est qu'une petite contribution. L'autre chose est que l'immunité ne vient pas seulement des anticorps, nous avons un autre type d'épitope. Donc ces points de reconnaissance, même avec des anticorps, sont appelés épitopes. Il existe maintenant un type d'épitope complètement différent pour les cellules T, pour le système immunitaire cellulaire. Ils sont répartis différemment. Ce ne sont donc pas les mêmes sites de reconnaissance que pour les anticorps. Ils sont distribués partout dans la protéine. Ils sont plus dispersés et ils ne sont souvent même pas affectés par ces variantes de fuite («escape variants») qui surviennent au début d'une épidémie. Cela peut prendre des années, voire des décennies, pour qu’ils soient touchés. Mais en même temps, nous savons que certains, probablement la plupart des vaccins, produisent également une très bonne immunité aux lymphocytes T. C'est pourquoi les gens qui, comme moi, ont une bonne compréhension, même s'ils n'ont pas acquis une expertise, sont plus détendus. Sinon, tout le sujet de la vaccination est si complexe que répondre à une question aussi simple est plus susceptible d'être mal compris. Malheureusement. Surtout dans les médias.

Hennig: En ce qui concerne la grippe, il y a ce que l'on appelle la dérive antigénique. Cela signifie que le virus change de telle manière qu'il ne peut plus être facilement reconnu par les anticorps. C'est pourquoi les vaccins doivent être constamment adaptés. Ce n'est pas typique des coronavirus. Mais qu'est-ce qui est différent maintenant?

Drosten: Je ne le dirais pas ainsi. Nous n'avons jamais observé de coronavirus pendant et après leur propagation pandémique. Comme beaucoup d'autres scientifiques, je m'attends à ce que ce virus du SRAS-2 devienne endémique, c'est-à-dire qu'il restera. Et puis je m'attends à une dérive («drift») dans les premières années, certainement les dix premières années. Une fois l'immunité de la population mondiale établie, le virus dérivera, tout comme la grippe.

Hennig: Mais seulement alors.

Drosten: Exactement, alors seulement. Ça va commencer un peu maintenant. Vous pouvez maintenant voir que si un mutant Immunescape survient quelque part, par exemple dans une population locale, prenons un bidonville d'Afrique du Sud, alors cela peut amener un léger Immunescape. Mais il arrive toujours une population là où il n'y a pas d'immunité et la plupart du temps, le virus en paie le prix. La plupart du temps, ce mutant Immunescape n'est pas bénéfique mais nuisible dans une population non immunisée. Et puis un autre virus de type sauvage sans mutation survient et l’envahit. C'est ce qui est le plus souvent observé avant la situation endémique. C'est la phase actuelle. Cette phase bancale durera des mois et nous pourrons nous y adapter. Nous serons également préoccupés l'année prochaine à la même période au sujet de certains mutants qui auront des changements ailleurs. Le virus continuera [de nous provoquer des frayeurs]. Mais au bout d'un moment, tous les habitants de la terre auront une certaine immunité et, surtout, les enfants seront naïfs. Ils naissent sans anticorps, ils doivent d'abord les acquérir. Ce n'est pas tout à fait vrai, au tout début après la naissance, il y a quelques anticorps de la mère. Mais ils sont passifs. Ils ne restent pas.

Mais en principe, l'immunité doit être acquise. Nous avons donc là une partie de la population, les enfants, chez qui le virus persiste et se propage dans le monde, et par qui il se transmet chez les adultes. Les adultes n'ont alors plus de pneumonie, mais plutôt un mal de gorge et un rhume. C'est une condition que le virus doit accepter. Et dans cet échange entre enfants et adultes, dans ce jeu de ping-pong, la dérive a lieu. La composition antigénique change un peu, en particulier de la protéine de surface, mais plus tard également des épitopes des lymphocytes T. Et de cette façon, le virus évolue plus rapidement dans les endroits où le système immunitaire bat le virus, et de manière plus dirigée qu'ailleurs dans le génome. Nous avons une évolution plus neutre ici dans ces autres endroits. Le virus effectue de tels mouvements de recherche ou de diffusion erratiques.

Alors que dans les endroits où la pression immunitaire existe, il y a une évolution dirigée. C'est très bien caractérisé pour la grippe. Il y a un groupe dans le monde qui y a vraiment réfléchi, le groupe de Derek Smith à Cambridge. Et je suis sûr que ce groupe, ainsi que d'autres groupes, verront de tels effets plus tard avec le virus du SRAS. Mais pour le moment, on ne voit pas cela.

Hennig: Et d'un point de vue purement technique, il s'agit, pour le dire simplement, de changements majeurs de la surface.

Drosten: Changements qui s'orientent dans le temps et s'appuient les uns sur les autres. Cela va de pair avec la prise de sérums, le prélèvement d'échantillons d'anticorps sur des patients au fil des ans, l'évolution du virus au fil des ans, alors vous pouvez également voir que l'antigénicité du virus et l'immunité des humains font toujours la course. L'un fait un changement, puis l'autre doit s'adapter à nouveau. Mais parfois, le virus vient soudainement avec des nouvelles. Ensuite, il a à nouveau un avantage et infecte à nouveau. Mais peu de temps après, les personnes post-infectées sont toutes «mises à jour» dans leur immunité.


Débat sur la stratégie: reporter la 2e dose? 

Hennig: Donc, si l'on peut supposer que les vaccins, le vaccin BioNTech qui est déjà disponible, le vaccin Moderna sera, espérons-le, approuvé pour l'Europe, qu'ils continueront à être efficaces, même avec ces mutations. Ensuite, il y a encore un débat sur la disponibilité des vaccins. Le Royaume-Uni a déjà décidé de modifier sa stratégie de vaccination. Peut-être aussi pour gagner un peu de temps avec cet variant largement répandu, c'est-à-dire reporter la deuxième dose de vaccination. Cela fait maintenant également l'objet de discussions en Allemagne. L'approbation du vaccin BioNTech, par exemple, prévoit une deuxième dose après trois semaines. Jusqu'à six semaines, jusqu'à 42 jours, ce serait la marge de manœuvre. […] Pouvez-vous dire quelque chose à ce sujet?

Drosten: Surtout au début, quand il y a peu de vaccins disponibles, il est utile de penser à quelque chose comme ça et de prendre des décisions basées sur des données solides. En Allemagne, la Commission permanente de vaccination, la STIKO, [s’y consacre]. Ils sont présentés avec des documents qui ne sont pas accessibles au public, provenant du processus d'approbation, etc. Ce sont de vrais experts. [...] je ne suis pas membre de la STIKO car je ne suis pas non plus un expert en vaccination. Ce n'est pas mon domaine. Mais bien sûr, je connais des gens qui en font partie. Tout ce que je peux dire, c'est que vous pouvez vraiment leur faire confiance. [...]

Hennig: Mais il y a déjà des déclarations pour et contre. Il y a des experts en vaccination qui disent qu'après la première vaccination, il y a une bonne réponse anticorps, cela peut être fait. [...] N'y a-t-il pas un certain risque, car la deuxième vaccination est encore nécessaire pour renforcer ou prolonger le vaccin?

Drosten: [...] Ce qui se passe avec la première vaccination, c'est que le système immunitaire est vraiment stimulé. Ensuite, il faut environ 14 jours pour voir les premières réactions. Avec ce vaccin, vous voyez après une telle période, un peu moins de deux semaines, qu'il y a effectivement une protection contre la maladie. Ensuite, le système immunitaire continue de se développer pendant encore six semaines, qu’il y ait ou non une nouvelle vaccination au cours de ces six semaines. Mais s’il y a une nouvelle vaccination, il s’affine. L’affinité mûrit alors, c'est-à-dire le raffinement de la liaison. Mais ce raffinement aura probablement aussi lieu si vous vaccinez beaucoup plus tard. Et il y a autre chose, une autre observation, qui est également systématiquement faite à propos de certains vaccins. Autrement dit, si vous allongez un peu l'écart entre les deux vaccinations, la durabilité de la protection immunitaire est encore plus grande. Pour cette raison, il existe également un schéma de vaccination en trois étapes pour de nombreux vaccins inactivés. [...] Cette troisième vaccination est souvent celle qui gère effectivement la protection immunitaire pluriannuelle, vraiment durable et à titre élevé, comme on dit, hautement concentrée.

Hennig: La maturité du lien que vous avez évoquée, c'est-à-dire dans quelle mesure les anticorps se lient à l'antigène du virus, quel genre d'écart de risque y a-t-il, car il y a encore un risque de tomber malade pour ceux qui ne sont vaccinés qu'une seule fois? peut-on le mesurer?

Drosten: Je crois que dans ce laps de temps, qui est discuté en ce moment, que vous attendiez trois semaines ou trois mois, je le dis maintenant délibérément de cette manière parce que je n'ai pas les données d'approbation, […] on ne s’attend pas à ce que l'effet disparaisse complètement pendant cette période. Ou qu’on puisse se réinfecter et avoir une maladie sévère. Je m'attendrais plutôt à ce qu’on ne puisse même pas mesurer la différence. Et c'est pourquoi ces considérations […] sont correctes. Surtout en ce qui concerne les vaccins à ARNm, où il existe déjà de très bonnes données, où l'on peut maintenant voir que la réaction immunitaire est vraiment forte, je pense que nous pouvons nous le permettre. Avec d'autres vaccins, il faut revoir les données d'enregistrement, si la réaction à la première dose est suffisamment forte. Mais avec ces vaccins à ARNm, lors de la première dose, la réponse immunitaire est vraiment forte. On peut alors se permettre d'attendre un peu plus longtemps, avec une grande probabilité. Et avec une certaine probabilité, cela est même bénéfique afin de conserver une longue durée de protection immunitaire. Je pense donc que quelqu'un qui ne reçoit la deuxième dose qu'après une longue attente est alors immunisé pendant une durée beaucoup plus longue et plus durable.

Hennig: Cela signifie-t-il que le risque pour l'individu n'est peut-être pas si grand[...]?

Drosten: […] il faut simplement tirer le maximum des doses de vaccin qui sont maintenant limitées, en termes d'immunité de la population. C'est aussi la pensée en Angleterre. Et je pense que de nombreux pays d'Europe penseront de la même manière. Le mieux serait bien entendu que nous trouvions une solution européenne. Mais parfois, leur mise en œuvre prend un peu plus de temps. Et certains pays vont de l'avant. Et comme je l'ai dit, notre STIKO en Allemagne est vraiment un très bon organisme. Et nous pouvons nous attendre à ce qu'il y ait beaucoup de données et de preuves pour agir et prendre des décisions.

Hennig: Mais il y a une dernière question qui ne cible pas l'individu, mais la pandémie. Parce qu'une objection qu'il y a, aussi de la part des experts en vaccination, contre le report de la deuxième dose, c'est qu'ils le savent du laboratoire. Si le virus est exposé à une légère pression d'anticorps, c'est-à-dire une faible réaction d'anticorps, la résistance et les mutations qui échappent à la réponse immunitaire sont particulièrement bonnes. Est-ce complètement absurde?

Drosten: Le principe est correct. La seule question est toujours: nous n'autorisons pas les vaccins sur la base de principes, mais sur la base d'observations réelles. C'est une considération de précaution, c'est vrai. Il faut maintenant réfléchir; est-ce que nous provoquons, en vaccinant maintenant quatre millions de personnes, surtout des personnes très âgées, au lieu de deux, ou huit millions au lieu de quatre, ces semaines-ci des mutants résistants qui se diffusera dans tout le pays ou ce mutant résistant viendra-t-il d’un pays où il y a déjà beaucoup d'immunité de la population, où le virus circule plus librement car il n'y a pas du tout de bonnes structures médicales? Cela viendra de toute façon, et nous devons nous protéger en fournissant à la plus grande part possible de notre population une protection de base le plus rapidement possible. Et je pense que cela devrait être la priorité si vous pensez plus loin que les quelques personnes actuellement vaccinées. Il n'y en a pas beaucoup. Nous ne pouvons donc pas le faire aussi vite, vacciner 10% de notre population. Et pour vraiment induire une variante de fuite (escape variant), il faut avoir une chaîne d'infection qui se produit toujours entre les immunisés partiels et qui ne revient presque jamais dans la population non immunisée.

Pour le moment, malheureusement, le virus revient dans la population non immunisée car elle est simplement beaucoup, beaucoup plus importante en Allemagne. À cet égard, il est plus efficace de renforcer le plus rapidement possible une protection immunitaire à l'échelle de la population grâce à la vaccination. Il faut aller à la limite de ce qui est possible. Vous devez essayer de l'accélérer comme vous le pouvez. Malheureusement, pour le moment, ce n’est pas entre les mains de ceux qui la réglementent, c’est uniquement la capacité de production. Soit dit en passant, pour le moment - du moins pour autant que je sache - ce n'est pas à cause de la quantité que vous avez commandée il y a des mois. Là encore, des accusations ont été portées contre des politiciens. Je trouve qu'il est relativement difficile d'avoir une telle discussion. À cette époque, la situation décisionnelle était différente. Pour le moment, le problème n'est pas là. L'Allemagne dispose de peu de vaccins non pas parce que si peu ont été commandés, mais parce qu’il n'est tout simplement plus disponible pour le moment. Tout doit d'abord être produit. Et les décalages partiels entre les différents pays le sont en partie pour des raisons logistiques et pas du tout en raison des commandes. [...]


Suite de la pandémie en Allemagne

Hennig: M. Drosten, nous voulons jeter un œil sur ce qui a été décidé en politique. Nous venons de parler du lockdown, de mesures qui n'ont pas encore été mises en œuvre. Là où il y a encore de l'amélioration possible, nous pouvons, par exemple, développer une priorité pour l'éducation. Cela comprend également les décisions individuelles, éventuellement pas de voyages en montagne ou dans les domaines skiables. Si vous regardez ce que les modélisateurs ont publié entre-temps, pensez-vous qu'il est concevable que nous ayons un lockdown strict pendant quatre ou six semaines et que nous réduisions vraiment les chiffres? Vous avez mentionné plus tôt qu'une réduction exponentielle est également envisageable.

Drosten: Oui, bien sûr. Je pense donc qu'il peut y avoir de bonnes surprises. Nous avons des chiffres pour le moment [qui ont] l'air bien. Mais comme je l'ai dit, beaucoup de gens n'ont pas été testés. Les remontées traînent. Beaucoup de gens n'ont fait qu'un test antigénique et ne l'ont pas confirmé. Toutes ces choses jouent un rôle. Nous avons beaucoup de morts par jour en ce moment. Mais c'est bien sûr un effet de mi-décembre, début décembre. Vous ne pouvez rien en déduire pour le moment. C'est pourquoi il faut malheureusement être patient et attendre au moins jusqu'à la mi-janvier. Je pense que cela peut être fait rapidement. Cela peut bien se passer. Les modélisateurs disent qu'avec un lockdown strict, qui comprend également des fermetures d'écoles, du moins au-delà de l’école primaire, il sera difficile d'avoir des chiffres fin janvier qui nous laisserons en paix jusqu'à Pâques. Mais on aurait des chiffres, en relâchant complètement, qui augmenteraient à nouveau. Cela remonterait très rapidement, même sans mutant plus transmissible, même avec le virus actuel. Je pense donc qu'il est naïf d'espérer que les choses se passent bien. Je pense qu’il faut s’y préparer maintenant: que peut-on réellement faire pour tenir plus longtemps? Quel mode existe-t-il?

Dans les écoles, par exemple, [on pourrait] dans certaines classes [faire venir] seulement sept ou huit élèves, [en alternant par exemple]. Ce serait une énorme différence. Surtout dans certaines régions, où il y a des enfants qui doivent aller à l'école, car ce n'est tout simplement pas une bonne chose pour la famille. Quelque chose comme ça pourrait peut-être être rendu possible d'une manière ou d'une autre. Il suffit d’y penser à l’avance. Il faut absolument arrêter de dire maintenant: la science dit que cela n'arrive pas dans les écoles. La science ne dit plus cela depuis longtemps. C'est ce que disent certains scientifiques, […] mais globalement, au niveau international, européen et aussi en Allemagne, la science ne dit plus cela. Il ne reste plus qu'à penser à l'avenir. Donc aussi aux autres aspects que nous avons mentionnés. Comment améliorer dans le domaine du télétravail, en particulier jusqu'à Pâques? Peut-être un peu plus, au cas où la vaccination des groupes d'âges actifs ne se passe pas bien? Qui sait. Toutes ces choses, il suffit de penser aux détails dès maintenant. C'est alors la tâche de la politique et du niveau de planification et non plus autant pour la science que dans la première vague.

Hennig: Avant la pause de Noël, nous avons entendu le désespoir croissant des scientifiques, dont vous, [qui se disaient peu entendu] des politiciens. Cela a-t-il changé? Quelle est votre impression maintenant que la science est davantage entendue?

Drosten: Je pense que vous pouvez en apprendre davantage sur la discussion publique. Surtout dans le rapport préliminaire sur la décision des [Länder], où il était déjà dit: Oh, en fait, tout le monde s'est depuis longtemps mis d'accord sur certaines mesures. [...] Je pense que c'est en partie parce que les scientifiques ont également été entendus. Cependant, également à travers l'expérience de la réalité dans [les Länder]. En fait, avant Noël, entre octobre et Noël, nous avions non seulement le sentiment que peu d'attention était accordée à la science, mais aussi que des avis épars venaient d'associations et de milieux spécialisés, et aussi de cercles scientifiques aussi. Les principes de base qui sont convenus en science ont également été remis en question au niveau international. Comme ce point de vue, par exemple: il suffit de protéger les maisons de retraite, puis tout le travail est fait. Pourquoi personne ne protège-t-il les maisons de retraite ici? Si vous regardez de plus près, vous pouvez voir qu'il y a certainement des concepts. Ce n'est pas du tout qu'il n'y a pas de concepts sur la façon de protéger les maisons de retraite. Mais il y a des réalités. D'une part, les réalités disent, pour parler de ce thème particulier des maisons de retraite, ce ne sont pas les visiteurs qui l'apportent. C'est le personnel. Ensuite, bien sûr, vous devez dire que ces employés ne sont que des gens normaux, qui ont des contacts. Ils ont aussi des enfants. Ils ont des familles. Ils ont un espace de loisirs. Et ils doivent aller travailler chaque jour. Comment [faire] maintenant? Le mieux serait de vacciner ce personnel immédiatement et de manière préférentielle. L'offre est désormais également en cours d'exécution. […] Mais même dans les cliniques il n'y a pas assez de vaccins disponibles. [...] La mise en œuvre est tout simplement la grande difficulté.

À l’époque avant Noël, nous en avons eu beaucoup de gens, y compris des scientifiques, qui ont dit publiquement qu'il n'y avait aucun concept, que si on avait enfin ces concepts, on n’aurait pas à faire de lockdown. Malheureusement, c'est vraiment faux. Ce n'est tout simplement pas le cas que vous puissiez simplement protéger les maisons de retraite avec un concept. L'expérience le dit. Et la réalité de la mise en œuvre également. Mais c'est aussi, [la] pression sur les coûts, que le secteur des soins aux personnes âgées connaît depuis des années et qui entraîne une réduction des effectifs. Et une dotation en personnel aussi mince ne peut pas faire en plus de la maintenance. Tester devient alors difficile, ainsi que les respect de toutes les autres précautions.

samedi 9 janvier 2021

Variants anglais et sud-africain. Podcast #70 du 5 janvier 2021 [partie 1]


Korinna Hennig: Nous sommes dans une nouvelle phase de la pandémie, de deux points de vue. Pour la première fois, un mutant est apparu, et nous avons reçu un nombre important de questions à ce sujet. Mais nous sommes également au point que beaucoup espéraient: les vaccinations contre le SRAS-CoV-2 ont commencé. Politiquement, il y a à nouveau beaucoup de discussions sur le début de la vaccination. […] Dans quelle mesure avez-vous eu peur des rapports sur ce mutant B.1.1.7? (Public Health England)

Faut-il s'inquiéter du mutant anglais?

Drosten: C'est encore difficile à évaluer. Nous avons finalement deux angles de vision. L'un est épidémiologique […] L'autre angle est celui du virus. Donc le travail lié à l'organisme; l'agent infectieux. Dans les deux cas - comme toujours quand il y a de telles nouvelles connaissances - il y a beaucoup de points d'interrogation. À l'heure actuelle, les résultats de l'épidémiologie de l'infection sont bien en avance sur la situation. Là, nous avons des études de plusieurs groupes en Angleterre qui sont intéressantes et arrivent à la même conclusion. C'est toujours bon lorsque plusieurs groupes arrivent au même résultat. […] Cependant, il faut aussi dire que des données identiques ou très similaires sont examinées. On souhaiterait que les données comparatives d'autres pays et d'autres systèmes de notification puissent également être analysées. [...]

En revanche, il y a des travaux sur le virus, car il existe des données préliminaires sur les mutations dans certains systèmes expérimentaux. Certains de ces systèmes sont des pseudotypes. Parfois, il y a aussi des observations sur des virus entiers. Mais pas exactement sur ces virus. Nous avons actuellement deux mutants viraux sur notre liste. L'un est celui d'Angleterre et l'autre est celui d'Afrique du Sud, dont on a peut-être moins parlé. [...] Dans les deux cas, il n'y a toujours pas de données [de] laboratoire. Cela est dû au fait qu'il n'est pas facile de créer des conditions de laboratoire définies et aussi parce que les deux sont effectivement apparus pendant les vacances.

[...]

De nombreux patients ont déjà cette nouvelle variante du virus. Il n'est certainement pas particulièrement difficile de les isoler. Ce que nous pouvons maintenant vérifier, c'est si cette crainte est vraie que les anticorps qui se trouvent dans le sérum des patients infectés ne sont pas aussi efficaces pour empêcher ce nouveau virus d'infecter les cellules de laboratoire. Cela signifie donc que l'effet neutralisant a été un peu perdu. Cela a été discuté. Au fait, je ne m'attends pas du tout à ce que cela se produise.

Hennig: Peut-être que nous pouvons passer un peu en revue cela dans l'ordre. Il y a beaucoup de questions [...] L'agence européenne de protection contre les maladies ECDC a déjà dénombré une vingtaine de pays dans lesquels la variante de Grande-Bretagne a déjà été détectée. Le "New York Times" a récemment répertorié 33 pays, dont l'Allemagne. Quelle est la prévalence de B.1.1.7?

Drosten: Cela est en cours de compilation pour le moment. En Allemagne, nous avons déjà beaucoup de retard dans les données de déclaration. Entre Noël et le Nouvel An, les personnes infectées sont restées à la maison avec des symptômes bénins. Elles ne seront jamais testées, n'apparaîtront jamais dans les statistiques, elles seraient peut-être allées chez le médecin en temps normal. Ensuite, de nombreux tests antigéniques ont également été utilisés en Allemagne. On dit toujours qu'un test antigénique positif doit être confirmé en laboratoire. [...] Beaucoup de gens n'auront pas du tout fait cela. Cela crée des lacunes dans les chiffres. […] Ici, au laboratoire, […] nous avons détecté quatre virus de ce type dans plusieurs endroits en Allemagne. […] Le Danemark est un pays qui a pu collecter ces informations de manière très systématique. Au Danemark, tout comme en Angleterre, une grande partie de ce nouveau virus est séquencée. [...]

[En temps normal, il n’est pas nécessaire de séquencer chaque virus, comme par exemple la grippe] Ces virus évoluent dans de vastes zones géographiques sur des laps de temps, pour lesquelles il suffit de séquencer quelques virus par semaine. Ce qui suffit pour voir le changement. Il est important que vous couvriez une grande géographie. […] Les laboratoires ne reçoivent pas non plus d'argent pour cela. […] Cela dit, il y a deux pays en Europe qui, pour des raisons de tradition et de structure de la recherche, séquencent beaucoup. L'un est l'Angleterre, l'autre le Danemark.

Hennig: Et pas seulement depuis la pandémie du coronavirus.

Drosten: Oui, c'est le cas depuis des années. Ainsi, dans ces pays, par exemple, il y a beaucoup de séquençage pour suivre la propagation de la résistance bactérienne. Cela se fait en partie sur les mêmes machines, mais microbiologiquement et virologiquement, c'est un problème complètement différent. Ici, vous pouvez voir que la communauté de recherche est structurée autour du traitement des mouvements temporels et spatiaux des pathogènes, ce qui est une tradition dans certains pays. L'étude du pathogène lui-même est une tradition de recherche dans d'autres pays, comme l'Allemagne. Donc, dans la bonne tradition de Robert Koch, nous nous consacrons au pathogène, tandis que dans d'autres pays se consacrent aux populations hôtes. C'est ce qui conduit à cette différence. Mais la plainte que vous entendez parfois en public est quelque chose que je ne partage pas avec autant d'intensité, car nous construisons également quelque chose comme ça en Allemagne. Ce n'est pas que nous n'ayons rien dans ce sens non plus. Et puis il faut ajouter que ce n'est pas le cas en Angleterre que tout cela n'a été remarqué que par séquençage, mais par coïncidence dans les tests PCR.

Hennig: Une défaillance dans le signal.

Drosten: Exactement. Il existe un fabricant de tests dont le test est très utilisé en Angleterre et moins dans d'autres pays. Et ce fabricant base ses tests sur trois gènes cibles. La plupart des autres n'utilisent que deux gènes cibles. L'un d'eux, qui est un peu un gène cible de luxe, se trouve dans la protéine du spike, où vous ne mettriez normalement pas de cible PCR parce que vous savez que ce gène est sous pression de sélection et qu’il est le plus susceptible de changer. Mais bon, cette entreprise l'a quand même fait. Et ce gène cible a maintenant échoué par hasard. Cela signifie que deux gènes sont positifs, l'un est négatif lors du test d'un tel patient.

Hennig: Le nouveau variant est inhabituel.

Drosten: exactement, en Angleterre. Et cet échec a d'abord mis les scientifiques anglais sur la piste. Ensuite, cela a été confirmé par séquençage. L'intensité du séquençage est bien inférieure à celle du contrôle de suivi de ce gène dans chaque test PCR que vous effectuez. Le Danemark, pour y revenir, est aussi un pays qui a beaucoup séquencé. Maintenant que cela a été remarqué en Angleterre, ils ont recherché les données de séquence du Danemark, et ont vu qu’au cours de la 47e semaine d'enregistrement, c'était en novembre, des cas y ont été remarqués pour la première fois. Cette séquence est donc déjà arrivée au Danemark. Ce n’est pas étonnant. À cette époque, c'était déjà plus répandu en Angleterre, puis une détection régulière a eu lieu au cours des semaines 49, 50, 51, 52. Et au cours de ces quatre semaines, [on peut dire que], malgré toute l'incertitude statistique, le nombre de cas double de semaine en semaine ; trois cas, dix cas, 19 cas et ensuite 36 cas, donc avec toute l'incertitude. Mais il est à noter qu'il s'agit d’un doublement de semaine en semaine. Si vous analysez ces séquences, on peut voir que celles de l'arbre généalogique sont toutes directement liées les unes aux autres. On parle d'un clade monophylétique. Cela nous indique qu'il y a eu une transmission locale de ce virus au Danemark. Donc pas seulement une importation constante d'Angleterre, qui devrait également augmenter de façon exponentielle. Car en Angleterre, à la source, nous avons une augmentation exponentielle de ce variant. Mais ici, en plus du fait qu'il double de semaine en semaine, il y a aussi le fait que ces virus sont tous directement liés les uns aux autres. Il est fort probable que cela prouve qu'il y a eu une transmission locale au Danemark et que celle-ci est exponentielle même si le nombre de cas est encore très faible.

Là où j'ai toujours un peu froncé les sourcils, où je me suis dit: attendez, ce sont de très bons groupes d’experts, mais ils analysent tous la même chose. Des données ou le même ensemble de données de base avec quelques nuances, il faut être prudent. D'autant qu'en tant que virologue expérimental, ce que je suis en fait aussi, vous savez que les virus ne peuvent pas facilement se transmettre par quelques mutations. J'étais toujours sceptique à ce sujet. Mais depuis que j'ai vu ces données danoises, je suis devenu très prudent et je pense qu’il faut les prendre vraiment au sérieux et que, par conséquent, on doit également rechercher la mutation en Allemagne. Mais vous n'avez plus à le faire via le séquençage, nous pouvons désormais simplement utiliser des mutations marqueurs dans les laboratoires de diagnostic.

Hennig: Qu'est-ce que cela signifie?

Drosten: Certaines caractéristiques que ce virus est connu pour avoir, le virus anglais, qui, soit dit en passant, s'applique également au virus sud-africain, peuvent être analysées à l'aide de méthodes de laboratoire simplifiées, où vous n'avez pas toujours à séquencer tout le génome, mais où vous pouvez voir directement les caractéristiques individuelles, par test PCR. Vous pouvez donc utiliser une combinaison de quelques PCR pour prouver si vous avez affaire à un virus muté ou non muté. Et cela peut être fait à partir d'échantillons résiduels positifs pré-testés à partir de diagnostics de routine.

Hennig: Devons-nous supposer que l'Allemagne se comporte depuis longtemps comme le Danemark? Parce que les quelques variants de virus qui ont été détectés ici ont un historique de voyage avec la Grande-Bretagne, c'est-à-dire les variantes de B.1.1.7, au Danemark ce n'est plus le cas.

Drosten: Avec le peu de données dont nous disposons à présent, nous pouvons dire: nous savons dans chacun de ces cas individuels que le patient ou peut-être le conjoint ou quelque chose du genre venait directement d'Angleterre. Les séquences que nous connaissons maintenant ne sont pas directement liées les unes aux autres dans l'arbre généalogique. Cela signifie qu'ils appartiennent tous à ce clade de ce variant anglais. Mais il y a toujours une relation directe avec chacun de ces virus allemands qui ne vient pas d'Allemagne, qui est basé en Angleterre. Ou peut-être dans un autre pays, où il a été ramené d'Angleterre. Mais cela changera certainement dans un avenir très proche. Je m'attends donc déjà à voir un cluster allemand dans les prochaines semaines.

Il n'y a aucune raison de penser que ce virus se comportera alors différemment. Je ne pense pas que nous ayons un gros problème avec cette variante en Allemagne pour le moment. Mes collègues danois sont sur la piste de tout cela. Et c'est là que les données comparatives cruciales sont actuellement créées sur la façon dont ce virus se propage, également par rapport aux virus non mutés qui existent également dans le pays. Et cela en dehors de l'Angleterre, donc dans un système, dans une population qui est juste différente de celle de l'Angleterre. Et par différent, je veux dire, c'est comme ça en Angleterre, ils ont eu un lockdown structuré en novembre. Cela signifie, tout comme chez nous, que les magasins non essentiels étaient fermés, que la vie professionnelle et les lieux de travail étaient ouverts, autant d'exceptions permises. 

Hennig: Et les écoles étaient ouvertes.

Drosten: Les établissements d'enseignement et la garde d'enfants étaient ouverts. Et dans ces conditions à ce moment-là, vous pouvez voir dans la région du sud-est de l'Angleterre ce mutant apparaître et se présenter avec une suraccentuation dans les écoles. En décembre, le tout se distribue dans la population normale et à la fin du mois cela se répartit géographiquement du sud au nord de l'Angleterre. Mais il semble que tout a commencé avec un vent favorable dans les écoles. [...] À ce jour, nous ne savons pas avec certitude s'il s'agit d'un soi-disant effet fondateur. En d'autres termes, [si] le virus est plus transmissible que les autres virus. Mais il surfe sur une vague qui a été créée. Pas à cause du virus, mais à cause des caractéristiques de la population. Par exemple, les écoles sont ouvertes et ce virus y entre par pur hasard. Ensuite, nous savons que ces virus sont transmis dans la même cohorte d'âge. Nous en avons déjà discuté plusieurs fois dans ce podcast. C'est une hypothèse, de plus en plus improbable au vu du développement en Angleterre, cela se découple de plus en plus des écoles en décembre, et est visible dans l'ensemble de la population. [...] Cela signifie que d'une certaine manière, il relègue les autres virus, bien qu'il n'y ait pas de sélection à l'œuvre ici, mais simplement une meilleure aptitude («fitness»).

Maintenant, nous avons en plus de ces éléments en Angleterre […] des données du Danemark. C'est vraiment intéressant car c'est un pays différent. Il existe également un virus différent en arrière-plan. Maintenant, la question est: ce virus muté peut-il également s'affirmer plus fortement contre ce virus parce qu'il a simplement une vitesse de propagation plus rapide? Si tel est le cas, je dirais que les conclusions ne feront aucun doute. On saura alors que cette variante est vraiment plus transmissible, que la valeur R est plus élevée. Et c'est quelque chose que, en tant que virologue expérimental, [m’inquiète]. Je dois dire que des choses comme ça n'arrivent pas par hasard. Les virus n'augmentent généralement pas à ce point leur capacité de transmission avec quelques mutations durant une épidémie, ce qui est une découverte très remarquable. C'est pourquoi au tout début, lorsque cela s'est produit, non seulement moi, mais aussi de nombreux autres virologues qui travaillent sur les virus, en particulier les coronavirus, avons d'abord regardé avec un grand scepticisme et le faisons toujours. Nous ne sommes donc pas encore tout à fait convaincus que ce soit le cas, mais les données se rapprochent et c'est vraiment incroyable.

Mutations

Hennig: Nous pouvons revenir à la question du rôle que jouent les enfants ou non. Regardons cette mutation. Vous avez dit quelques mutations. Si je suis correctement informée, il y a 17 mutations dans cette variante, dont huit dans la protéine du Spike, c'est-à-dire dans cette protéine de surface. Et c'est ce qui cause une telle inquiétude, car c'est important pour la réponse immunitaire, pour le vaccin, pour beaucoup d'autres choses. En particulier, la recherche a maintenant examiné trois mutations dans cette protéine. Encore une fois: nous avons déjà parlé de mutations ici, c'est un processus tout à fait normal, qui se produit lorsque les virus se multiplient. Il y a donc des erreurs de copie qui ne sont pas automatiquement corrigées. Elles peuvent alors changer la fonction du virus. À quelle vitesse le virus mute-t-il normalement en ce moment? Combien de changements peut-on y observer? J'ai lu un nombre comme celui-ci en moyenne deux par semaine. Et maintenant ceci dans un variant.

Drosten: Oui, c'est vrai. Les deux sont corrects. Ce variant se trouve sur une longue branche solitaire. Il y a donc une longue branche intermédiaire depuis une section profonde de l'arbre, puis vers ce clade de virus, c'est-à-dire vers le groupe de virus qui s'accrochent ensuite ensemble à l'arbre. La ligne de connexion y est plus longue qu'avec les autres. Il arrive un long tronçon dans l'arbre généalogique où il n'y a pas de branches. La question est: cela signifie-t-il que dans un temps qui est en fait constant, ce virus a soudainement eu beaucoup de mutations à la fois? Ou cela signifie-t-il que ce virus n'a tout simplement pas été observé pendant son développement depuis longtemps, n'a pas été séquencé? Et c'est certainement plus le cas. Je ne pense donc pas qu'il y ait eu une évolution accélérée de ce virus ici. Cependant, il faut aussi dire que la vitesse d'évolution qui peut être observée de cette manière dépend également de la taille de la population à partir de laquelle sont prélevés ces échantillons du virus qui sont séquencés. Maintenant, la question est, qu'est-ce qui aurait pu se passer? Pourquoi y a-t-il de nombreux changements dans ce clade? Une explication est: quelque chose d'inhabituel s'est produit et ce virus s’est trouvé dans une situation inhabituelle. Il y a l'hypothèse qu'il pourrait s'agir d'un virus provenant d'un patient qui, par exemple, avait une immunodéficience et qui a répliqué ce virus dans son corps pendant une période particulièrement longue. Dans ses poumons, par exemple, et ne pas l'éliminer et que malgré cette déficience immunitaire, des changements naturels ou artificiels se sont produits qui ont mis le virus sous pression. Il se peut, par exemple, qu'un peu d'anticorps se soit développé chez le patient. Ces anticorps ont embarrassé le virus et le virus a dû adopter des mutations évasives pour échapper à cette pression immunitaire. Cela peut être une cause. Une autre cause peut être qu'un médecin ait donné des anticorps à ce patient. Par exemple, le sérum d'un séroconverti. [...] De cette manière, une pression immunitaire artificielle a été créée. Ce qui est également possible, c'est que le virus soit entré dans un hôte complètement différent. Nous nous souvenons donc des histoires du vison au Danemark et en Hollande. Cela pourrait aussi être le cas, ce virus a peut-être disparu de l'homme dans un animal, y est resté quelques mois, puis a été réacquis par l'homme. Les deux sont de la pure spéculation. Il faut dire que pour l'hypothèse du patient, il existe deux publications médicales, des rapports de cas, où des virus ont été séquencés à partir de personnes infectées à long terme. Vous avez en fait vu quelques mutations similaires à ce virus anglais. C'est une énumération d’hypothèses [...]

L'autre type d'hypothèse est, cependant, que le virus a un nombre relativement important de mutations qui n'ont pas été vues auparavant. Et c'est pourquoi il a cette longue branche nue à laquelle il se bloque, car il provient d'une population de virus dont nous n'avons tout simplement pas prélevé d'échantillons depuis longtemps, c'est pourquoi la branche est nue. Pendant que cette branche grandissait, nous n'avons pas séquencé les branches et donc ne les avons pas reconnues. Elles sont là, mais pas dans nos bases de données. [...] Par exemple, elles pourraient être dans un pays autre que l'Angleterre, ce serait une explication. [...]

À ce jour, nous ne savons pas à quoi ressemble la population virale réelle et où elle se trouve réellement sur terre. C'est également possible, c'est aussi tout à fait théorique.

Hennig: vous parlez d’un hôte intermédiaire, c'est-à-dire un animal, comme possibilité théorique. Nous avons parlé du Danemark, également en relation avec cette variante et du vison, dont nous avions déjà parlé dans un autre épisode. Peut-il y avoir une connexion? Parce qu'une des mutations s'est également produite chez les visons, si j'ai bien lu?

Drosten: Oui, la suppression au point 69, 70, qui est également dans le virus du vison.

Hennig: Donc une suppression d'acides aminés?

Drosten: Exactement, il y avait un petit écart dans la protéine. Ceci est absolument théoriquement possible par recombinaison. Mais je ne pense pas que ces virus aient quoi que ce soit à voir les uns avec les autres. Entre autres, il peut être déterminé à partir du fait que ces suppressions ne se produisent pas dans tous ces virus de vison. Ces suppressions se retrouvent également dans d'autres lignées de virus. Donc ni la nouvelle variante anglaise ni les variantes de vison du Danemark ou des Pays-Bas, mais dans un virus, nous en avons même discuté ici, la mutation N439K, qui a également circulé pendant longtemps en Angleterre et a maintenant été réprimée. Ceci est encore une autre section de l'arbre généalogique. Si tel est le cas, c'est-à-dire si nous avons la même caractéristique qui apparaît en parallèle à plusieurs endroits dans un tel arbre généalogique, on parle de convergence. C'est un phénomène simple en évolution. Une telle convergence qui pointe toujours vers une certaine signification fonctionnelle. Et on pense que la suppression des deux acides aminés ici pourrait conduire à un virus comme celui-ci ayant un petit avantage.

Soit dans le Immunescape, c'est-à-dire dans la fuite des anticorps, mais plus probablement simplement dans la flexibilité du site de liaison au récepteur. Alors ces protéines, c'est comme ça qu'elles sont ... Comment expliquer? Il y a des jouets pour enfants qui ont des aimants, des boules magnétiques reliées à des tiges en plastique. Et vous pouvez en faire des boules et des objets parce que les aimants s'attirent. Vous pouvez former des objets, essentiellement des blocs de construction magnétiques connectés les uns aux autres. Et ces objets ont toujours une certaine mobilité et vous pouvez déplacer un peu les aimants, et parfois, la mobilité dépend d'un endroit, dépend de la rigidité de la chaîne de blocs de construction à un autre endroit. Et c'est comme ça dans les protéines. Et on pense que cette double élimination de deux acides aminés aux positions 69, 70 contribue quelque peu à la flexibilité des acides aminés au niveau du site de liaison au récepteur. De sorte que la protéine peut soudainement se permettre des mutations importantes qu'elle n'aurait pas autrement, car cela aggraverait alors la stabilité interne de la protéine.

Hennig: Ce site de liaison au récepteur est un point pivot, lorsque l'on considère cette mutation. Un autre que nous avons rencontré est le N501Y. Et il s'agit également de ce site de liaison au récepteur, c'est-à-dire de la capacité du virus à se fixer au récepteur dans la cellule. Pouvez-vous déjà dire si le virus s'est réellement optimisé ici? Une meilleure liaison, cela signifie-t-il automatiquement qu'il pourrait devenir plus contagieux?

Drosten: Oui, c'est une hypothèse. Il s'agit en fait d'un site qui se trouve exactement sur le domaine où le virus parvient au récepteur. Et là, deux acides aminés relativement remarquables, également gros, se sont échangés, l'asparagine contre la tyrosine. Cela a sûrement une signification fonctionnelle. Il existe quelques expériences biochimiques et aussi des expériences virales, avec des pseudovirus, où vous pouvez également montrer que cette mutation rend la liaison au récepteur un peu plus stable. Dans des circonstances normales, cependant, cela ne doit pas être un avantage pour le virus. Car ici aussi, on peut voir: Le virus SARS-2 a sans doute acquis cette mutation de manière convergente à plusieurs reprises, mais elle n'est pas restée. Elle a donc toujours disparu dans cette partie de l'arbre généalogique d'où cette mutation est née. Ce n'était pas un avantage évolutif durable. Cela peut se produire, par exemple - comme nous l'avons dit plus tôt dans un autre épisode - un virus comme celui-ci doit non seulement s’attacher au récepteur, il doit également s’en détacher - à un moment donné au cours du cycle de reproduction. La sortie doit également fonctionner. Par conséquent, plus la protéine de surface se lie au récepteur, mieux c'est, mais il existe une plage optimale. Et le virus pourrait également laisser cela en acquérant un lien plus fort. La question est maintenant: que se passe-t-il si des anticorps entrent soudainement en jeu? Donc, si le virus doit soudainement exister dans une population immunitaire, dans une population partiellement immunisée, et il existe toujours un tel facteur perturbateur, à savoir l'anticorps au site de liaison. Ensuite, le virus aurait en quelque sorte un avantage s'il réajustait et renforçait simplement le lien, qui est toujours perturbé par l'anticorps, c'est-à-dire qu'il saisit le virus plus étroitement. Il se pourrait que ce soit dans l'histoire de ce virus que la pression de sélection se soit manifestée dans ce sens.

Peut-être pouvons-nous parler de ce variant du virus sud-africain. Parce que si les gens en Angleterre spéculent sur ce virus, il se pourrait qu'il y ait eu un patient là-bas et qu'il ait ensuite eu des anticorps à un moment donné. Et cette sélection a été faite chez ce patient; en Afrique du Sud, nous avons également la même mutation 501Y, c'est-à-dire la mutation tyrosine, dans un virus non apparenté. Mais nous avons une situation différente en Afrique du Sud. Nous avons parlé de l'Afrique dans un précédent épisode. Nous avons déjà dit que l'Afrique du Sud avait un réel problème pendant notre été, son hiver dans l'hémisphère sud, et avait des flambées épidémiques majeures. Dans les townships en particulier, où les pauvres vivent très près les uns des autres, où le virus s’est transmis, nous avons maintenant des taux de détection d'anticorps chez les patients de plus de 40%, 50%. On atteint petit à petit l'immunité collective. C'est une situation où le virus doit combattre les anticorps s'il veut infecter à nouveau de nouvelles personnes, s'il veut déclencher une deuxième infection, par exemple. Un tel virus se défendrait éventuellement contre cette pression immunitaire avec une telle mutation. Ce serait donc une mutation d'évasion («escape-mutation»), une évasion immunitaire. Cela fait partie des hypothèses sur l'origine de la variante sud-africaine. Cela ne peut pas être écarté d'emblée. Quelque chose comme ça aurait pu arriver ici. La question est maintenant pour l'Angleterre ou pour l'Allemagne, où nous n'avons pas encore d'immunité collective, est-ce que cela profite encore au virus?

Hennig: Et la question est toujours ouverte ou en savons-nous déjà plus?

Drosten: L'étendue de l'Immunescape peut être vérifiée expérimentalement. Et bien que cela n'ait pas encore été vérifié en laboratoire pour ce virus réel, ce virus anglais, des tests de laboratoire ont déjà été effectués avec des virus porteurs d'une telle mutation, et ce que vous pouvez voir, c'est qu'il existe un paysage immunitaire contre les anticorps monoclonaux qui sont dirigés contre ce site de liaison particulier.

Hennig: En d'autres termes, ceux fabriqués en laboratoire qui sont développés comme médicament.

Drosten: Exactement. Ces anticorps, qui sont dirigés contre un seul corps, sont sous leur forme pure, mais le mélange d'anticorps dans un sérum normal, on parle d'un sérum polyclonal...

Hennig: Donc pour ceux qui ont guéri, par exemple.

Drosten: Exactement. Un vrai sérum humain de quelqu'un qui a guéri. Ce mélange sauvage d'anticorps qui se produit dans un sérum humain naturel. Si vous les associez à de tels pseudotypes de virus, alors pratiquement aucun effet ne peut être observé, c'est-à-dire pratiquement aucun affaiblissement immunitaire dû à la mutation. Mais maintenant, rien ne prouve que la combinaison de toutes les mutations dans la protéine de surface, comme cela se produit normalement dans le virus anglais, puisse créer un escape immunitaire après tout. On nous présentera certainement ces tests de laboratoire dans les prochaines semaines.

Hennig: Et cela pourrait avoir un impact sur la question si on peut à nouveau être infecté si vous avez déjà eu une infection?

Drosten: Oui, je suis toujours [prudent quand je m’exprime] parce qu’il est important de dire que nous ne parlons pas d'effets en noir et blanc. Nous avons souvent cette représentation en noir et blanc, en particulier dans les discussions publiques, dans les talk-shows: Oh, le virus ne peut plus être contrôlé par le vaccin - ce n'est pas comme ça. Ce sont de petits changements poussifs. Il devient un peu plus gris clair ou gris foncé et non noir ou blanc. Il se pourrait qu'il y ait un peu moins d'efficacité vaccinale. Cela se traduirait par: quelques personnes de plus sur cent ne seront plus complètement protégées par le vaccin, elles auront la gorge un peu irritée.

Hennig: Mais probablement pas une évolution sévère.

Drosten: Exactement. […] En tant que citoyen qui se demande maintenant si la vaccination fonctionnera toujours, vous pouvez vraiment vous rassurer. Nous n'avons pas de soucis majeurs pour le moment. La principale préoccupation, cependant, est l'efficacité de la transmission. S'il arrive qu'une valeur R de 1 soit augmentée de 0,5, alors c'est bien sûr un montant inquiétant. C'est précisément ce qui a également été observé en Angleterre, dans les évaluations statistiques, que par exemple dans une zone où il est possible de réduire la propagation de l'épidémie en dessous de 1 grâce à des interventions non pharmaceutiques, c'est-à-dire à travers toutes ces mesures de lockdown, à un niveau constant à 0,8, et qu’il ne vous reste plus qu'à attendre [que cela baisse pour assouplir les mesures]. Et soudain, un deuxième virus émerge en arrière-plan. Ce n'est pas 0,8, mais 1,2 [...] peu importe ce que vous faites. Au lieu de regarder avec horreur et de voir comment, un mois plus tard, les unités de soins intensifs se remplissent, vous devez dire que malheureusement il faut aller plus loin avec les mesures afin de ramener ce virus plus répliquant en dessous de un. C'est mauvais dans la situation actuelle avec les températures froides. Ces mois de janvier, février et mars sont les mois typiques de la saison grippale. Le virus de la grippe est également un virus très contagieux. L'ensemble de la population adulte est totalement ou partiellement immunisée. Les enfants ne le sont pas et ça explose chez eux puis se propage aux adultes, c'est notre saison grippale annuelle. Nous avons maintenant un problème complètement différent ici, nous avons un virus pandémique. Et avec ces conditions environnementales, donc des températures froides, les gens sont en contact les uns avec les autres, toute la population adulte est naïve, et n'est donc pas à l'abri. C'est un problème. Tout petit changement dans la transmissibilité d'un tel virus est un problème extrême. Si les ratios sont de 1,5 pour 1, [...] alors nous avons un réel problème. Ensuite, avec toutes les discussions en cours, nous pouvons dire quelles mesures doivent être prises, les écoles peuvent-elles rester ouvertes etc, qu’est-ce qui peut être fait sur les lieux de travail, malheureusement, toutes ces choses doivent être repensées.

Modélisations

Hennig: Mais pour le savoir plus précisément, le lockdown offre désormais au moins une chance de gagner du temps. Un couvre-feu a même été imposé en Grande-Bretagne. Vous avez mentionné ce taux de reproduction. Il existe des modèles en Angleterre qui tentent de se pencher sur la question épidémiologique de savoir à quel point cette nouvelle variante est plus contagieuse[...]. Peut-être pouvons-nous y jeter un œil. […] Boris Johnson a déclaré que le variant était 70% plus contagieux au Royaume-Uni. Pendant longtemps, je ne savais pas d'où provenait ce chiffre. J'ai maintenant lu qu'il pourrait venir du NERVTAG (New and Emerging Respiratory Virus Threats Advisory Group), un groupe consultatif scientifique. En même temps, une étude de l'Imperial College de Londres et de la London School of Hygiene and Tropical Medicine tente de prouver comment le nombre reproducteur pourrait changer. Et en ce qui concerne la portabilité, le dernier chiffre que j'ai lu est 56%. Est-ce plausible?

Drosten: Pour être honnête, je ne me perdrais pas autant dans ces détails pour le moment. Pour expliquer brièvement: les 70% qui ont été communiqués dans les médias au début sont le ratio des taux de croissance. Le taux de croissance signifie que nous ne prenons que les cas signalés cette semaine et que nous les divisons par les cas de la semaine dernière. Et si cela est devenu plus, alors nous avons quelque chose de 1 virgule quelque chose qui en ressort. Et maintenant, vous pouvez le faire séparément pour le nouveau variant et pour le virus normal qui ne porte pas cette mutation.[...] Et si vous les divisez, vous obtenez un 1,7, ce qui signifie 70% en plus de cela. Voilà donc 70%. Et vous pouvez également convertir cela en valeur R, c'est-à-dire en chiffre Rt. Vous êtes quelque part dans la perception, il y a environ 0,5 à 0,6 unités en plus. Donc, un virus qui avait auparavant 0.8 a 1.3, 1.4 après. Et c'est remarquable.

Hennig: Donc, le nombre de ceux qui continuent d'infecter une seule personne.

Drosten: Exactement. Si vous parliez de 0,8 maintenant, ce serait comme ceci: dix personnes n'en infecteront que huit dans la prochaine génération. Cela signifie que ça devient moins. Et puis soudain, il y a un virus qui infecte la génération suivante non pas dix, mais 13, 14. Bien sûr, au début, ça semble inoffensif. Alors vous pensez que l'épidémie est juste un peu plus grande. Mais cela se multiplie de génération en génération. C'est un phénomène exponentiel. Et c'est le problème, en un mois c'est une énorme différence.

Hennig: Cette étude de la London School of Hygiene and Tropical Medicine a également modélisé ces variants: pourquoi le virus pourrait-il être plus contagieux? En ajoutant des paramètres dans le calcul pour voir, cela correspond-il à ce qui se passe dans la réalité? Est-il vraiment plus plausible que l'infectiosité augmente simplement en raison de la capacité de se lier ou en raison de la charge virale plus élevée? Vous avez déjà dit que vous ne considérez pas l'escape contre la réponse immunitaire comme si probable. Et même avec les enfants, vous devez vous demander s'ils sont plus sensibles à l'infection et s'ils l'ont donc transmise davantage avec les écoles ouvertes.

Drosten: Maintenant, la question est de savoir comment procéder? Par exemple, vous pouvez simplement suivre les modèles. Le groupe de la London School a créé un modèle complexe dans lequel le comportement de transmission du virus était d'abord simulé mathématiquement, puis vérifié ou calibré. Ce modèle, utilisant des données de reporting réelles de diverses catégories, à savoir les admissions à l'hôpital, l'occupation des lits de soins intensifs, les décès 28 jours après le résultat de la PCR, le nombre de résultats PCR, la séroprévalence et les différences régionales sont également inclus dans certains cas. Ensuite, vous pouvez faire une modification. Maintenant, ils disent que nous donnons à ce modèle deux valeurs R différentes. Nous avons donc mis deux virus là-dedans. On laisse le modèle calculer et comparer le nombre de mutations rapportées au niveau régional au fil du temps et voir sous quelle hypothèse ce modèle suit le mieux les nombres réels. […] Ensuite, nous voyons dans quelles conditions et sous quelles hypothèses le modèle décrit le mieux ce qui se passe. Les scientifiques de la London School ont simplement donné plusieurs choses au modèle. Premièrement, le nombre de transmission R est plus élevé dans un cas. Mais ensuite, ils ont également modélisé s'il ne serait pas plus facile que ceux de ce modèle qui ont déjà eu l'infection ne soient pas complètement immunisés, mais qu'ils puissent être à nouveau infectés par le nouveau virus. Ce serait l'hypothèse Immunescape, qui peut en fait être reproduite dans un tel modèle. Une autre hypothèse est qu'une population structurée par âge est également modélisée avec ses différents taux d'hospitalisation. Nous le savons: les enfants et les jeunes viennent beaucoup moins souvent à l'hôpital. Mais le nombre d'hospitalisation est un paramètre d'étalonnage du modèle. C'est pourquoi on peut aussi travailler purement hypothétiquement avec une population de base structurée par âge. Dans cette population hypothétique, vous donnez au modèle informatique plusieurs tranches d'âge et vous faites semblant de dire: Supposons qu'un virus est plus sensible aux enfants en particulier. D'ailleurs, ils l'ont fait parce qu'à l'époque où ils ont fait ce travail, ils savaient qu'il y avait plus de ce nouveau virus dans les écoles que de virus non muté. La question, bien sûr, est la suivante: le virus profite-t-il de la vague dans les écoles ou est-il la raison pour laquelle les écoles sont soudainement plus touchées? Le virus s'est-il adapté aux enfants? Et puis l'autre, l’intervalle de génération plus court. Cela signifierait que dans l'un des deux modèles mathématiques, un paramètre de base, l’intervalle de génération est simplement un peu raccourci. On s’attendrait donc, comme l'autre étude de l'Imperial College l'a analysé, que dans les zones où la prévalence globale baisse sous l’effet du lockdown, le nouveau variant devrait non seulement augmenter plus rapidement si l’intervalle de génération est plus court, mais devrait également diminuer plus rapidement.

Hennig: Donc, l’intervalle de génération, le temps qu’il faut pour qu’une personne infectée en infecte une autre.

Drosten: Exact. Non seulement nous avons une augmentation exponentielle de l'épidémie en cours qui a une certaine vitesse, mais nous avons également une chute exponentielle qui a également une certaine vitesse. Avec un l’intervalle de génération plus court, les décrues devraient également aller particulièrement vite. Vous pouvez également comparer cela entre ces deux variants. Bref, le résultat est le suivant: le meilleur ajustement est de loin l'hypothèse que le taux de transmission est plus élevé pour le virus muté.

Hennig: Grâce à la capacité de liaison ou à une charge virale plus élevée.

Drosten: Une étude de modélisation ne dit pas cela.

Hennig: Mais c'est peut-être ce que vous expérimentez …

Drosten: Exactement, en tant que virologue, je me demande ce qu'il y a derrière? Si nous acceptons que le virus a un taux de transmission plus élevé, d'où cela peut-il venir mécaniquement maintenant? Quelle est l'idée? Dans l'un des documents d'un groupe de travail en Angleterre, de Public Health England, qui est une organisation de santé publique en Angleterre, l'un des documents dit: Nous avons vu que les patients qui ont le mutant ont tendance à avoir une charge virale plus élevée […]. En tant que virologue, je suis toujours sceptique à ce sujet. Surtout en tant que personne qui fait également des diagnostics de virus et de virologie médicale. Parce qu'il faut dire qu'il y a beaucoup d'effets sur le niveau de population qui doivent être contrôlés et qu’on peut difficilement contrôler. Je vais vous donner un exemple. Quand je vis dans une région qui n'a pas vraiment beaucoup d'infections et où le lockdown n'est pas pris très au sérieux. [...] [parce que l’épidémie se déroule ailleurs dans le pays]. Si je suis dans cette situation et que tout à coup, j'entends qu'un mutant est impliqué et que quelque chose se passe soudainement aussi dans la région, qu’est-ce que je fais lorsque je tombe malade? Avant, avec des symptômes légers, je ne m'en souciais pas trop […] et si je me fais tester, ce sera la semaine prochaine quand je serai vraiment malade. Mais dans la deuxième semaine de symptômes - nous le savons - le virus de la gorge est déjà considérablement réduit, a déjà pénétré dans les poumons et nous rend vraiment malades. Mais il ne reste plus autant de virus dans le test de laboratoire de la gorge. Cela se produit dans la situation normale. Maintenant, les nouvelles changent. Maintenant, tout d'un coup, je fais attention et maintenant j'ai peur. Je me sens mal maintenant, je viens d'être infecté, j'ai peur, je vais tout de suite faire un test. Maintenant, j'ai beaucoup de virus dans la gorge et cela seul peut conduire et entraînera le fait que le patient moyen a une charge virale plus élevée lors du premier examen de laboratoire. Et cet effet est très difficile à contrôler. C'est pourquoi je suis très sceptique quand je lis quelque chose comme ça.

Hennig: une charge virale plus élevée. Parce qu'il y va tôt avant d'avoir les symptômes ...

Drosten: Exactement parce que le patient moyen y va simplement plus tôt. Nous parlons de «disease awareness». La prise de conscience de la maladie augmente donc. Ensuite, vous pouvez être testé plus tôt. Et c'est maintenant quelque chose qui a été rapporté. Je suis sceptique à ce sujet. Sinon, il n'y a pas grand-chose à quoi s'accrocher. Il existe une mutation du virus qui peut être considérée comme importante. Nous savons déjà que, contrairement au virus SRAS-1, ce virus a une plus grande capacité de réplication dans les voies respiratoires supérieures, dans la gorge, raison pour laquelle il se transmet si facilement. Nous savons également qu'il existe une différence très importante dans les protéines de surface. Alors que le SRAS-1 et le SRAS-2 sont en fait le même virus, qui sont très étroitement liés l'un à l'autre, le SRAS-2 a un site de clivage de la furine supplémentaire dans la protéine de surface au point où la protéine doit également être coupée pour qu'elle mûrisse et devienne un objet moléculaire avec une charnière au bon endroit. [...]

Hennig: Nécessaires pour l'entrée des cellules ou pour la reproduction?

Drosten: C'est à ce moment que le virus mûrit lorsqu'il sort de la cellule, avant qu'il n'infecte la cellule suivante, il doit se «découper». […] En réalité, c'est une protéase. Donc, une enzyme du corps de la cellule qui y transperce. Et cela a un point de reconnaissance. Ce point de reconnaissance dépend du fait qu'il existe des acides aminés basiques. Et maintenant, un acide aminé basique a été ajouté. Maintenant, vous pourriez penser que la détection fonctionne encore mieux, on peut également imaginer cette perforation, qui se déchire encore plus facilement. Maintenant que nous connaissons la grande différence entre le SRAS-1 et le SRAS-2, il pourrait s'agir de ce site de clivage prédéfini. Et le SRAS-1 et le SRAS-2, la grande différence est que le SRAS-2 se reproduit mieux dans la gorge également. S'il se déchire encore mieux, cela pourrait finir par mieux se répliquer dans la gorge. Cela conduirait mécaniquement à une meilleure transmission du virus dans la population. C'est donc quelque chose qui devrait également être suivi comme hypothèse. Il faut vérifier cela avec des expériences.

Hennig: C'est la mutation P681H, non, pour ajouter ça?

Drosten: Oui, exactement. Il s'agit d'un échange proline-histidine.

Hennig: Je vais résumer. Il est plus probable que le virus soit en fait plus contagieux. Peut-être à travers ce site de clivage de la furine, que vous avez expliqué à la fin. Il est peu probable que ce soit plus contagieux pour les enfants parce que c'était cette hypothèse au départ.

Plus contagieux chez les enfants?

Drosten: Exact. Soit dit en passant, vous pouvez dire si c'était le cas, alors disons que sous l'idée que les enfants ont moins de récepteurs, il y a un travail qui a montré que les enfants ont environ 10% de récepteurs en moins dans le nez. Donc cela devrait être plus courant, surtout chez les jeunes enfants. Mais ça ne l'est pas.

Hennig: Dans ce cas, moins de récepteurs signifie que si la capacité de se lier est plus grande à un moment donné, cela est particulièrement bon pour le virus chez les enfants car ils ne peuvent pas s'ancrer aussi bien.

Drosten: Exactement.

Hennig: Et dans les données de Grande-Bretagne, qui ont de très bonnes données sur la répartition par âge, c’était particulièrement répandu chez les enfants, mais toujours en partant du principe que les écoles étaient ouvertes, tandis que beaucoup d'autres choses étaient fermées.

Drosten: Exactement. Vous voyez également quelque chose de très intéressant. Cet effet a été particulièrement fort en novembre puis s'est atténué par rapport à décembre, où de plus en plus de flambées scolaires ont été remarquées. Cela va de pair avec des quarantaines dans de plus en plus d'écoles. Cela signifie que les écoles n'étaient pas ouvertes aussi continuellement en décembre qu'en novembre. Il n'y a probablement que des effets de population générale, des effets de lockdown sur les lieux de travail. Et nous avons le virus dans ce rôle d’indicateur de l'activité infectieuse dans les écoles, qui se déroule actuellement. De très bonnes données impartiales qui ne sont pas basées sur les symptômes,[...] Vous effectuez des examens en fonction de l'âge en échantillonnant des ménages sélectionnés sur le plan démographique[…] Comme on peut le voir peu avant Noël, dans les groupes d'âge adultes, c'est 1%. Mais à l'âge du secondaire et jusqu'à environ 18 ans, il est de 3%. Même un peu plus de 3%. Et aussi dans le groupe des jeunes de la 2e à la 6e année, il est alors de l'ordre de 2%.

En principe, on a répondu à la question de la contribution réelle des écoliers à l'épidémie. Il y aura bientôt également des données autrichiennes montrant exactement la même chose. Également une étude impartiale. Alors que toutes les données que nous avons sur les écoles ici en Allemagne sont des données d'enregistrement. [...] Les enfants ont juste moins de symptômes. C'est pourquoi ils sont par ailleurs moins testés, de sorte que les symptômes ici n'ont pas un effet directionnel aussi fort sur le diagnostic que chez les adultes. C'est la faiblesse de nos données de reporting, qui est compensée par ces études systématiques. Ici, nous avons une conclusion claire. Bien entendu, une partie de cette transmission accrue du variant viral peut également s'expliquer par de tels effets. On peut au moins espérer que dans d'autres situations, dans d'autres pays, mais aussi en Angleterre à un autre moment, par exemple maintenant sous un lockdown complet, où les écoles sont également fermées, on peut voir que cette longueur d'avance dans le nombre de transmissions n'est peut-être pas si prononcé après tout, mais pourrait au moins en partie s'expliquer par cette entrée dans les écoles. Au moins c'est mon espoir.

Hennig: C'est donc à la fois une bonne et une mauvaise nouvelle du point de vue des écoles. Elles continuent de jouer un rôle dans la pandémie. C'est désormais également important dans le contexte des fermetures d'écoles en Allemagne. Mais si cela se confirme, elles ne jouent pas un rôle plus important avec ce nouveau variant.

Drosten: Vous pourriez le dire grossièrement, oui. 

Plus pathogène? 

Hennig: [...] Cependant, rien n'indique que cette nouvelle variante soit plus pathogène, en termes simples, n'est-ce pas?

Drosten: Exactement, vous ne pouvez pas voir ça pour le moment. Il existe également une étude en Angleterre qui tente de classer les cas hospitaliers selon qu'ils sont porteurs du nouveau ou de l'ancien virus. [On a] un cas. Il est âgé de 70 ans, de sexe masculin, et vient d'une certaine zone (code postal). Maintenant, nous essayons de trouver un homme de 70 ans dans la même zone, également à l'hôpital mais qui a le nouveau virus. On compare ensuite les parcours cliniques. Donc l'un a besoin de plus d'oxygène que l'autre etc, l'un a une fièvre plus longue que l'autre. Il existe différentes catégories cliniques qui peuvent être comparées. Mais cela ne fait que commencer. Cela prend beaucoup de temps, je pense que vous pouvez le comprendre quand je le décris de cette façon, on n’a vu aucune différence jusqu'à présent. Cependant, il y a une caractéristique importante de ce virus dont nous n'avons pas encore discuté. Ce virus a une perte de gène. Le gène 8 code dans le cadre de lecture ouvert 8 a été perdu dans ce virus. Le virus n'a plus le gène. Ce gène a une fonction insuffisamment connue. On sait qu'il se situe dans l'appareil d'excrétion cellulaire des protéines. D'après des études, il s'agit d'une certaine protéine qui doit atteindre la surface de la cellule afin de présenter des protéines au système immunitaire, que la densité de la protéine à la surface de la cellule soit maintenue faible par cette protéine virale 8. Autrement dit, il aurait une fonction immunomodulatrice. Ce serait un mécanisme par lequel le virus se protégerait de l’élimination par le système immunitaire au cours de l'infection. Mais il peut également avoir d'autres fonctions supplémentaires. La recherche est en train d’examiner ça. Nous n'en savons encore rien.

Le virus du SRAS-1 a perdu cette protéine très tôt dans la chaîne de transmission interhumaine. C'est donc une protéine non essentielle, accessoire. Le virus peut encore exister même si la protéine est perdue. Et nous avons vraiment une protéine homologue ici dans le virus du SRAS-1, c'est-à-dire qu'elle vient de la même origine évolutive, sinon nous ne devrions pas dire homologue, mais similaire. Mais nous pouvons suivre les lignes d'évolution ici. Il vient de la même origine et c'est extrêmement similaire. Cette protéine a été perdue dans le virus SRAS-1. Et si vous restaurez maintenant la protéine dans le virus du SRAS-1, comme c'était le cas au début, vous pouvez voir dans les tests de laboratoire non seulement dans une culture cellulaire simple mais aussi dans des modèles de poumons humains que le virus se réplique plus fortement qu'auparavant, un facteur de 5 à 7 environ. Je peux le dire parce que nous avons fait ces expériences nous-mêmes ici. Nous l'avons fait à l'époque de Bonn. Nous avons publié cela en 2017 ou 2018.

Hennig: C'est une sorte de contre-vérification, pour ainsi dire.

Drosten: Exactement. On pourrait dire que c'est une protéine, que ce n'est pas indispensable. Le virus peut continuer d'exister. Mais le virus est également compromis lorsque la protéine est perdue. C'était donc le cas avec le virus SRAS-1. Cette preuve expérimentale n'existe pas encore pour le virus SRAS-2. Mais il existe une preuve clinique intéressante, à savoir que le virus SRAS-2 a subi une délétion de la protéine ORF8, le gène ORF8, à Singapour.

[...] Cependant, une partie d'une autre protéine a également été perdue. Vous devez ajouter cela. Les dégâts causés par le virus sont un peu plus importants ici. Ce virus s'est propagé en quelques semaines à Singapour puis a disparu sous les mesures de contrôle qui y étaient en place. Mais cela a duré assez longtemps pour infecter un certain nombre de patients. Et les médecins de Singapour ont comparé ce mutant légèrement déficient au type sauvage, au virus d'origine. Ils étaient assez similaires à l'époque parce que c'était la phase initiale de la pandémie. Cela s'est passé en avril, si je me souviens bien, ou même en mars. Les virus n'étaient alors pas très différenciés. Le virus d'origine et le mutant étaient toujours très similaires l'un à l'autre. Ce que vous avez vu dans une étude clinique, après avoir effectué toutes les corrections statistiques, était une indication que les patients infectés par le mutant avaient besoin de moins d'oxygène. C'est impressionnant lorsqu'un tel paramètre clinique change. Ceci est une indication de ce que l'on appelle l'atténuation. Donc un affaiblissement de l'effet pathogène. Je ne serais pas surpris si au fil du temps, alors que de plus en plus de patients peuvent désormais être comparés en Angleterre, alors les différences statistiques deviendront également plus affinées que peut-être on verra aussi que ce virus, bien que plus hautement transmissible, peut être un peu affaibli. Ce serait donc aussi un grand espoir à propos de ce mutant anglais.

Hennig: Cela signifie qu’il faut regarder de près comment les mutations individuelles dont vous venez de parler et dont certaines contiennent de mauvaises nouvelles, celle-ci peut-être une bonne. comment interagissent-elles?

Drosten: Oui, exactement. C'est aussi le gros problème, pourquoi nous ne pouvons pas simplement dire, voyons quelles données biochimiques sont disponibles pour les mutants individuels. Nous avons juste un phénomène en biologie évolutionnaire appelé épistasie. C'est l'interaction de mutations uniques avec un phénotype. Parfois, c'est comme ça: il faut non seulement deux, mais même trois ou quatre mutations coopératives qui font soudainement une différence de phénotype. Par conséquent, en première approximation, vous devez isoler le virus en laboratoire tel quel et le comparer avec un virus de comparaison. Dans une seconde approximation, il faut même prendre un virus génétiquement défini et y insérer toutes ces mutations l'une après l'autre, alors que toutes les autres caractéristiques du génome restent complètement les mêmes. Nous ne verrons pas cela pendant des mois. Ce sont des expériences complexes. Mais nous verrons de telles études. Je suppose que peut-être d'ici Pâques ou mai, nous aurons des preuves expérimentales très claires pour savoir si ce virus est ou non plus transmissible et dangereux. Mais cela prendra juste du temps.


Variant sud-africain

Hennig: Monsieur Drosten, vous avez brièvement mentionné la variante sud-africaine. Nous devons en reparler. Combien ont-ils en commun de toute façon? Ce ne sont pas des mutations complètement identiques qui ont eu lieu.

Drosten: Eh bien, ces virus ont deux choses en commun. L'une est cette mutation tyrosine asparagine 501, N501Y. L'autre chose, qui est également perceptible, est à l'avant au point où le virus anglais a cette double distance de deux acides aminés, le virus sud-africain a également un échange d'acides aminés à proximité. Vous pouvez peut-être le prendre au sérieux. Mais sinon, vous examineriez le virus sud-africain séparément pour le moment.

Hennig: juste pour compléter ce que vous avez dit, il s'agit de la capacité de se lier, le site de liaison du récepteur.

Drosten: Oui. L'un est le site de liaison au récepteur lui-même, l'autre est plus une position d'équilibrage

Hennig: Mais si vous comparez maintenant les deux avec tout ce que vous savez, quelle est la signification de la variante sud-africaine dans ce contexte?

Drosten: Le virus sud-africain n'a pas été traité de manière aussi intensive dans la littérature. Mais il y a un travail qui a été examiné pendant longtemps, de mars à fin novembre. 2600 génomes ont été évalués, dans une très grande région autour du Cap puis au KwaZulu-Natal, c'est-à-dire au Cap oriental, au Cap occidental et au KwaZulu-Natal. Pas toute l'Afrique du Sud, mais une partie du pays. Mais on a vu qu'un nouveau virus émergeait. Surtout depuis début novembre, mais de manière significative seulement depuis début novembre, puis de plus en plus. Et les rapports que je vois de l'Afrique du Sud disent que cela s'est poursuivi en décembre. De plus en plus de ce nouveau variant a été prouvé, sur la base des données de déclaration, il s'agit d'une observation similaire à celle de l'Angleterre. […] il faut toujours être relativement sceptique. Vous devez toujours être critique avec ces nouvelles données et ces nouveaux rapports. [...] [Mais on peut séquencer le génome du virus].

Il y a une enquête qui n'a pas été menée en Afrique du Sud, mais en Italie. Il a été publié un preprint par le groupe Rappuoli à Sienne. C'est un groupe d'immunologie très, très fort, un groupe d'immunologie virale. Ils ont fait une expérience. Ils ont pris le virus et l'ont combiné avec le sérum d'un patient dont les tests préliminaires ont montré qu'il se lie particulièrement bien à la protéine de surface du virus. Mais c'est un patient parfaitement normal. Maintenant, le virus a pu se multiplier en culture cellulaire avec le sérum du patient. Et dans une concentration qui était limite. L'anticorps a simplement permis au virus de se multiplier dans la culture cellulaire. Cela a été fait à l'aide de soi-disant passages. Donc, cette expérience a été répétée encore et encore et après un nombre entier de répétitions, après sept passages, il y avait une première différence, une suppression d'un acide aminé en position 140 de la protéine Spike. Cette suppression, vous ne la trouvez pas dans le libellé du virus sud-africain. Au contraire, il n'y a en fait aucune suppression comparable. Revenons maintenant à l'étude expérimentale italienne. Douze passages plus tard, c'est-à-dire que vous avez continué à prendre ce virus et laissé se multiplier en présence du sérum du patient, vous voyez un autre changement. Encore une fois, vous pouvez voir que le virus est soudainement capable de se multiplier mieux que dans la pré-expérience. Vous le faites encore et encore et encore. Et soudain, le virus est différent. Puis vous séquencez le virus. On voit après douze passages une mutation supplémentaire est maintenant apparue, E484K, c'est-à-dire l'échange glutamate-lysine au point 484 du spike. C'est aussi dans le virus sud-africain. C'est donc une constatation qui doit être prise au sérieux. C'est parce que c'est aussi un point qui est directement dans le domaine de liaison au récepteur. Alors ici dans une expérience sous la pression d'un anticorps, sous la pression évolutive d'un anticorps, le virus est très susceptible d'esquiver. Ceci est encore prouvé ici dans l'étude expérimentale basée sur la structure cristalline des rayons X. On observe donc un virus évasif. Nous voyons exactement la même mutation dans un virus qui est originaire d'un pays où nous savons qu'il existe déjà quelque chose comme une immunité en Afrique du Sud, ce qui est remarquable. Il faut prendre cela au sérieux. Ensuite, on a vu autre chose. On est ensuite repassé dans le laboratoire en Italie. Et puis à un autre point de la protéine dans une soi-disant boucle, c'est-à-dire une telle région flexible, une région de compensation, on a ensuite vu où onze acides aminés étaient insérés dans la protéine. Il y a aussi un soi-disant point de glycosylation, c'est-à-dire un point de connexion de sucre. Ces jonctions de sucre sont conçues pour empêcher les anticorps de se lier. Lorsque ce virus a acquis cette mutation, il était alors insensible aux anticorps. Mais c'est, il faut le dire, un virus cultivé artificiellement en laboratoire. Cela n'arriverait pas aussi vite dans la nature. Mais à un endroit très proche comme cet endroit, position 248 dans l'expérimentation italienne, et là 246, à seulement deux acides aminés, le virus sud-africain a un échange d'acides aminés. De là, nous ne pouvons pas voir si cela est important ou non. Mais au moins, c'est parfois perceptible. De plus, ce virus sud-africain a une autre mutation dans le site de liaison au récepteur à la position 417. Pris ensemble, cela suggère que quelque chose a beaucoup changé au niveau du site de liaison au récepteur. Peut-être même plus fort que le virus anglais. Il existe une similitude avec un test de laboratoire sous pression immunitaire. Originaire d'une population où - contrairement à l'Angleterre - la pression immunitaire est en fait déjà accumulée dans la population contre le virus. C'est remarquable. C'est pourquoi je dirais presque qu'il faut regarder ce mutant sud-africain au moins autant que le mutant anglais. Bien sûr, l'Angleterre est beaucoup plus proche de nous. Et il est tout à fait exact de dire qu'il est beaucoup plus probable et beaucoup plus courant que de tels mutants soient introduits de notre pays voisin, l'Angleterre, que de l'Afrique du Sud relativement éloignée. Mais beaucoup de gens se sont rendus en Afrique du Sud pendant la période de Noël. C'est une destination de voyage de Noël populaire. Il y a encore des gens qui reviennent d'Afrique du Sud ces jours-ci. Il faudrait vraiment les tester pour voir s'ils sont porteurs de ce virus. Car ces jours-ci, il semble que ce virus ait complètement pris un rôle prédominant en Afrique du Sud.

[...]