Appli, contact tracing : modélisation de Christophe Fraser. Podcast #27 du 3 avril 2020

Anja Martini: M. Drosten, nous parlons maintenant d'applications mobiles, anonymes, qui fonctionnent avec le Bluetooth. Il existe une première étude d'Oxford. Qu'est-ce que vous enpensez?

Christian Drosten: Oui, il s'agit d'une étude du groupe de Christophe Fraser , certainement l'un des meilleurs modélisateurs en épidémiologie. C'est une étude très intéressante, publiéedans "Science". Le but ici est d'abord [d’affiner] un modèle épidémiologique [afin de le rendre] plus précis, [grâce aux données fournies par] la littérature scientifique. On a maintenant de plus en plus de descriptions de paires de transmission dans la littérature eton peut donc mieux déterminer le temps qu’il faut entre deux générations. […] [Cela] alimente un modèle mathématique qui existe déjà afin de dériver certains paramètres et certaines parties de l'ensemble de l'activité de transfert. Le taux de reproduction R0 a été réévalué à 2. Il s'agit d'une valeur relativement faible lorsque vous regardez ce que d'autres analyses ont trouvé auparavant, environ 2,5.

Anja Martini: Donc, une personne en infecte deux autres.

Christian Drosten: Exactement. Maintenant, bien sûr, nous avons la possibilité de décomposer ces transmissions. Et la question qui se pose d'abord à ce modèle mathématique est: quelle est la proportion de transmissions présymptomatiques, de transmissions symptomatiques, mais aussi de transmissions environnementales et de transmissions asymptomatiques? Donc, asymptomatique signifie un porteur qui ne ressent jamais lui-même de symptômes. Et présymptomatique signifie avant que l'émetteur ne présente des symptômes. […] On a donc: présymptomatique 0,9 ; symptomatique 0,8 puis la transmission environnementale 0,2, transmission asymptomatique 0,1. Si vous ajoutez ces quatre valeurs ensemble, vous obtenez à nouveau 2.

Si vous visualisez maintenant les chiffres, vous arriverez d'abord à la conclusion que la part de transmission présymptomatique est de 46 % de l'activité de transmission totale. C'est une valeur dont nous avons également discuté il y a quelques jours.

Anja Martini: La personne infectée transmet donc le virus avant même d'être malade et ne le remarque tout simplement pas.

Christian Drosten: Exactement. Donc, près de la moitié des contaminations se fait avant les symptômes. Ce sont des valeurs moyennes, à partir de nombreux émetteurs, puis intégréesdans un modèle mathématique. La valeur R0 à 2 semble être une bonne nouvelle, car nous avons alors moins à faire afin d'abaisser le R0 en dessous de un et donc stopper l'épidémie. Cependant, si vous réalisez maintenant que 46% des contaminations ont lieu avant les symptômes, il sera bien sûr très difficile d’en réduire le nombre. Parce que vous ne pouvez isoler que des patients symptomatiques. Ces considérations sont maintenant intégrées dans un calcul intéressant: Que pouvez-vous réellement faire pour identifier une personne infectée? Combien de temps faut-il pour la reconnaître? Et combien de personnes ont-elles infectées pendant cette période, car 46% de la transmission se produit avant le début des symptômes? Et parce qu'il faut également un certain temps avant qu'un diagnostic soit faitaprès l'apparition des symptômes, et avant que les cas contacts puissent être identifiés.[...]Même si vous isolez immédiatement au début des symptômes, cette personne aura déjà infecté des gens, et ceux-ci également à leur tour au moment où les symptômes commencent chez le premier patient.[...] Nous avons observé quelque chose comme ça dans l'étude de suivi des cas de Munich et nous nous sommes interrogés à ce sujet. Mais maintenant, il existe en principe une preuve quantitative qui étaye vraiment le tout avec des chiffres.

Maintenant, cette étude fait un calcul très intéressant sur les possibilités d'intervention. Et ce qui ressort en fait de l'étude, c'est qu’on tarde à identifier les cas et les contacts, car tout dépend de la reconnaissance des patients symptomatiques. Il importe vraiment qu'un patient symptomatique ne soit pas longtemps symptomatique avant d'être testé. Et puis vient le test, puis la chaîne de reporting s'exécute. Ensuite, le service de santé doit venir demander: avec qui étiez-vous en contact? Ensuite, ces contacts sont identifiés... Tout celaest si long que, selon les derniers calculs, vous avez depuis longtemps perdu la plupart du temps dont vous avez besoin pour retirer le patient de la chaîne de contamination. En d'autres termes, avec ces calculs solidement basés sur les chiffres les plus récents, on peut dire qu'à partir d'un certain point de l'épidémie cette épidémie ne peut pas être stoppée avec des diagnostics ciblés, le suivi des cas, et l'isolement des contacts. Ce n'est plus possible. Ce que vous pouvez faire pour arrêter une épidémie comme celle-ci, c'est simplementconfiner. Là, vous n'avez plus à suivre aucun cas, car tout le monde est à la maison. Vous pouvez bien sûr prendre une palette de mesures dans le cas d’un lockdown un peu plus léger. Ce qui inclut quelque chose comme une interdiction des réunions.

Anja Martini: Ce que nous avons en Allemagne en ce moment.

Christian Drosten: Exactement, ainsi que les mesures de suivi des cas. Mais il y a aussi des calculs ici qui disent qu'on peut réduire les taux de transmission. Mais les mesures n'ont toujours qu'une efficacité limitée qu’on peut évaluer et on arrive à la conclusion que cette combinaison de mesures ne peut pas réellement arrêter cela. Ensuite, quelque chose d'autre est inclus, c’est le temps que vous obtenez lorsque vous utilisez une application. Cette application peut enregistrer les symptômes - il vous suffit donc d'écrire sur votre téléphone portable: j'ai maintenant des symptômes. Ensuite, l'application dit: D'accord, j'ai déjà envoyé vos données au laboratoire. [...] Ensuite, si le test est positif, l'application peut commencer à suivre les autres téléphones portables avec lesquels vous avez été en contact. [...] Et lesautres utilisateurs sont alors informés. "Vous avez été en contact avec un malade pendant la période infectieuse."

[…] avec une telle application, combien de temps faut-il entre le diagnostic et l'information des contacts ? […] Tous ces paramètres ont été intégrés dans le modèle. Et on peut direqu’avec une épidémie se déroulant au même rythme qu'à Wuhan et si 60% des identifications de cas se faisant via l'application sont suivies (cela signifie que 60% de la population installe une telle application et qu’environ 60 % de ceux à qui on demande de rester à la maison le font vraiment), alors on peut abaisser le taux de reproduction en dessous de un. C'est étonnant.

Mais il y a maintenant quelques restrictions. On dit alors qu'en réalité la vitesse de propagation est désormais plus rapide en Europe qu'à Wuhan au départ. Il y a certainement plusieurs raisons à cela. Densité de population, comportement des populations, mais aussi jusqu'où l'infection a déjà progressé. Bien sûr, cela rend la chose encore plus difficile, de sorte que l'on aurait réellement besoin d'un niveau plus élevé de coopération parmi la population.

Anja Martini: Plus de 60%.

Christian Drosten: Exactement, plus de 60%. Mais c'est réalisable. Communiquer les informations essentielles "Vous étiez en contact avec une personne infectée, vous devriez vous faire tester maintenant" et le temps que vous y gagnerez apporterait en fait beaucoup plus ou presque la même chose qu'un véritable lockdown - selon ce modèle mathématique. Ensuite, il y a quelques autres effets, comme par exemple: dans une "situation d'incidencesélevée", une vitesse encore plus grande pourrait être apportée à l'ensemble du système en disant que nous omettons maintenant cette histoire de test. Nous reprogrammons maintenant cette application qui, lorsque vous avez des symptômes, ne dirait dit pas: "D'accord, j’ai pris RDV au laboratoire", mais indiquerait: "Vous êtes considéré comme positif".

Anja Martini: Et je reste à la maison.

Christian Drosten: Exactement. Ensuite, bien sûr, tous les contacts des derniers jours sont définis comme de vrais contacts. Et on peut renforcer encore la mesure en programmant l’application pour qu’elle ne dise pas aux contacts "Veuillez faire un test", mais: "Nous devons maintenant vous voir comme positif et vous devez aller en quarantaine à domicile." Cela signifie que vous avez une option d'intervention, par exemple de la part des autorités sanitaires, qui pourrait se faire durant un certain temps ou pour une certaine zone, à l’image de ce qu’on entend en ce moment, [avec certaine endroits qui doivent être reconfinés car l’épidémie reprend]. Au lieu de cela, vous pourriez – [c’est ce que m’inspire cet article] – simplement modifier la sensibilité d'une application et avoir ensuite la possibilité d'avoir des possibilités d'intervention plus ou moins sévères.

Bien sûr, il faut dire qu’on peut combiner une telle application, avec d’autres mesures qui réduisent la transmission de l'infection, telles que le port de masques. Bien sûr, cela n'est pas inclus ici, car nous ne savons pas dans quelles proportions le port de masques pourrait éventuellement réduire l'activité de transmission si tout le monde en portait un ; il n'y a pas d'estimation numérique. […] Et c'est une vraie perspective. Dans le débat actuel, emprunt d’un certain désespoir, « comment sortir de ces mesures? », « que faire ensuite ? », l'idée qu'une telle application, surtout si beaucoup y participent, puisse téléguider des mesures à un niveau fin et permettre à la vie normale de continuer, me fascine. Pas de lockdown, les entreprises peuvent travailler, les écoles fonctionner, mais pas pour tout le monde et pastout le temps. Mais à un moment donné, vous recevez ce message sur votre portable: veuillez vous placer en quarantaine à domicile. Et vous pourriez le montrer à votre employeur [...]