Variants, occasions manquées en Allemagne, effet protecteur du rhume. Podcast #82 du 30 mars 2021

Variants : pas d’inquiétude à avoir


Beke Schulmann: [...] La nouvelle est venue d'Inde qu'un nouveau variant du coronavirus s'y est propagée. On dit que le « double variant », comme on l'appelle, est encore plus contagieux que les précédents et peut-être résistant à la plupart des vaccins. À quel point est-ce inquiétant?


Christian Drosten: On peut répondre assez brièvement. Ce n'est pas comme si vous aviez un croisement de deux variants différents comme l'ont dit certaines sources médiatiques. Au contraire, deux caractéristiques de mutation se sont produites ici ensemble. Nous avons trois ou quatre traits de mutation communs chez d'autres variants. Dans ce variant indien, nous avons l'échange à la position 484. Ce n'est pas la mutation E 484 K, mais la mutation E 848-Q. Donc dans la glutamine, pas comme d'habitude dans la lysine, qui a été remplacée dans cette position. Cela fait partie du site de liaison au récepteur. Nous avons également un échange en position 452, tel que nous le connaissons chez un autre variant qui circule en Californie. Il est probable que ce soit également un variant avec un léger immune escape.

Sinon, on ne sait rien de ce variant indien qui puisse être objectivé. Vous pouvez également voir dans les données de surveillance que la fréquence de détection de la mutation augmente en Inde. Il s'agit là encore d'un phénomène convergent, où des phénomènes similaires se produisent dans différentes positions phylogénétiques. En partie avec des substitutions identiques aux positions d'acides aminés. Tout va vers une échappatoire contre l'immunité des populations. Nous avons déjà discuté la dernière fois que nous avons probablement un niveau de convergence très élevé ici, également sur le plan immunologique. Cela signifie que notre répertoire de cellules B est relativement le même dans le monde, que nos cellules B répondent à ce virus de la même manière dans le monde et que le virus rencontre donc le même adversaire dans de nombreux pays à travers le monde, un problème immunologique similaire. Il résout ensuite cela de la même manière en remplaçant à plusieurs reprises les mêmes acides aminés ou des acides aminés très similaires aux mêmes endroits. C'est une bonne nouvelle. Cela signifie que la prochaine génération de vaccins, une légère mise à jour des principes vaccinaux existants, peut être relativement complète ou générale. Avec peu d'effort, on peut probablement inclure la plupart des variants d’échappement immunitaire qui surviennent. Il n'y a donc aucune raison d'être alarmé par cette nouvelle.

Schulmann: Quelle influence le variant pourrait avoir sur l'effet de la génération actuelle de vaccins?

Drosten: Nous savons relativement bien que les vaccins actuels induisent une immunité contre laquelle échappent les variants sud-africain et brésilien. Cela signifie que dans des tests de neutralisation en laboratoire, où nous combinons des anticorps avec des virus et voyons ensuite que ça se passe un peu moins bien. Cet effet de protection contre les virus pour les cellules en culture est moins prononcé chez les variants sud-africains et brésiliens. Cela vaut également pour certains autres variants, certainement aussi les variants californiens, indiens et new-yorkais. Mais maintenant, ce ne sont que des tests de neutralisation. Nous avons de bonnes données en même temps. Nous avons parlé de l’étude Scripps dans le dernier podcast.

Les données d'immunité des lymphocytes T montrent que nous avons très peu de perte d'immunité des lymphocytes T. Pour le moment, nous devons simplement clarifier la règle de base: les anticorps neutralisants protègent contre l'infection en général, l'immunité des lymphocytes T protège contre l'évolution sévère. Cette protection contre l'évolution sévère est toujours assurée par les vaccins actuels. Nous avons la preuve que la protection vaccinale est meilleure que la protection contre les infections naturelles. C'est notamment le cas avec Biontech-Pfizer, mais probablement aussi avec AstraZeneca sur le long terme. Par conséquent, il ne faut pas s'attendre à ce que nous ayons maintenant une perte totale d'efficacité des vaccins ou que nous commettions une erreur stratégique en utilisant les vaccins actuels. Tout cela est certainement correct du point de vue d'Immune escape. Cependant, cela ne signifie pas que les vaccins ne peuvent pas être améliorés.

J'espère que nous aurons les premiers vaccins mis à jour approuvés à partir de l'automne. J'ai lu qu'en Angleterre, il est déjà prévu que les personnes vaccinées à l'automne reçoivent une vaccination de rappel avec un vaccin mis à jour. Surtout les groupes à risque, c'est-à-dire les plus âgés. Cela correspond également au principe de la vaccination antigrippale selon lequel les groupes d'indication, les groupes à risque, bénéficient d’une mise à jour. J'espère également qu'à long terme, c'est-à-dire des années, cela ne sera plus nécessaire car le virus se sera stabilisé à un certain état de base par rapport à une large immunité de population, une situation endémique où le virus ne ser plus aussi [évolutif] comme le virus de la grippe A, qui montre une forte dérive antigénique. Le coronavirus SRAS-2 n'a pas cette option. Ce n'est pas un virus segmenté, et c'est pourquoi je m'attends à une plus grande stabilité sur plusieurs années qu'avec la grippe. Mais c'est presque un peu audacieux de ma part de faire un tel pronostic.


Schulmann: Le variant P1 se répand rapidement au Brésil. Dans certains cas, jusqu'à 100000 personnes infectées et environ 2 000 décès ont été signalés quotidiennement. Il a été découvert pour la première fois en Allemagne fin janvier. Pouvez-vous nous expliquer les conséquences?

Drosten: Ici aussi, nous avons toute une constellation de mutations, qui, d'ailleurs, sont très similaires au variant sud-africain. Nous pouvons supposer que nous avons ici un Immune escape. Nous devons penser ensemble les scénarios en Afrique du Sud et au Brésil. Nous avons le phénomène que nous avons eu une grande vague après la prolifération. La première contamination majeure s'est produite dans les deux zones [sans mesure barrière]. [...] Dans les deux cas, nous avons des profils de population nettement plus jeunes que les nôtres. Il est possible qu’il y ait eu un très grand nombre d'infections. Nous savons que l'été dernier, nous avions atteint des taux de séroprévalence de 40 à 50 % dans certaines communes d'Afrique du Sud. Il y avait une étude dont nous avons également discuté, [concernant] Manaus, où il a été calculé que l'immunité de la population à l'automne, était de 70 %. Je considère que ces données sont mal évaluées. Je ne pense pas qu'il y ait eu une réelle immunité collective à Manaus à l'automne. Puis vient un virus [avec un léger immune escape]. Réfléchissons: avant cela, 50% étaient de facto immunisés, dont 30% étaient vraiment immunisés et 20% [partiellement]. Dans mon esprit, [partiellement] signifie: ils peuvent toujours être infectés, mais ils ne tombent pas gravement malades parce que [...] les anticorps vont [ralentir le virus]. Ce n'est donc pas uniquement l'immunité des lymphocytes T. Vient maintenant un virus qui montre un léger escape. Et soudain, ces 20% d’immunisés partiels ne sont plus suffisamment immunisés. Ils peuvent être infectés à nouveau. Et avec les 50% de la population qui n'ont pas encore eu de contact, les portes sont ouvertes pour une deuxième vague.

On peut donc imaginer ce qui s'est passé à Manaus, en Afrique du Sud, à la fin de l'automne et de l'hiver avec le variant 1351. C'était au Brésil, d'abord à Manaus et maintenant malheureusement dans de nombreuses autres régions du pays avec le variant P1. Ce ne sont pas des effets en noir et blanc, mais plutôt un léger escape dans une population qui n'a pas encore été complètement infectée, dans laquelle il n'y a pratiquement pas de mesures d'intervention non pharmaceutiques[…], parce que les politiciens ne prennent pas de mesures ou parce que les structures du pays sont telles qu'il n'est pas possible d’en prendre, en raison de la pauvreté. Ensuite, de tels phénomènes se produisent, de terribles secondes secondes de contamination, comme nous le vivons actuellement au Brésil.


Schulmann: Vous en aviez déjà parlé. En ce qui concerne ces variants, les chercheurs soulignent maintenant à plusieurs reprises à quel point il est important de limiter autant que possible la propagation du virus jusqu'à ce que la vaccination ait été effectuée à tous les niveaux ou jusqu'à ce qu'il puisse être vacciné à tous les niveaux. Sinon, il faut s'attendre à ce que de nouveaux variants continuent d'apparaître contre lesquelles les vaccins actuellement disponibles pourraient ne plus être efficaces. Le ministre Helge Braun a décrit cela de manière très similaire dans Bild am Sonntag. Il a déclaré que le risque de développer la prochaine mutation virale immunisée contre le vaccin augmentera si le nombre d'infections continue d'augmenter en même temps que la vaccination. Pouvez-vous nous expliquer le mécanisme derrière cela?

Drosten: C'est le mécanisme d'Immune escape. Cela vaut autant pour les vaccinations que pour les infections naturelles. Le virus rencontre des anticorps dans la population et ne peut donc pas infecter. À moins qu'il ne modifie le site de liaison au récepteur de manière à ce que l'anticorps n'interfère plus avec lui. C'est ce que fait l'anticorps: il perturbe la liaison au récepteur. Cet effet perturbateur peut être éliminé en rendant une liaison de récepteur de plus en plus forte grâce à une nouvelle mutation qui atteint le virus. Ensuite, le lien devient trop fort, ce qui dans le passé aurait été trop étroit pour le virus sans anticorps interférents, de sorte qu'à un moment donné du cycle de réplication, le virus atteint un point où il ne peut plus se détacher d'un récepteur. Ensuite, l'infection cesse de fonctionner.

Cet effet est annulé car, en équilibre avec l'effet perturbateur de l'anticorps, cette liaison plus forte au récepteur a à nouveau la force de liaison correcte. C'est ainsi que vous pouvez imaginer ce mécanisme de l’échappement immunitaire des anticorps de manière très simplifiée. Ce que Helge Braun dit dans son argumentation est un argument de principe. La déclaration est quelque peu raccourcie. Je pense que ce qui était au premier plan dans ses considérations était: [...]Nous ne pouvons pas nous permettre de nous sentir en sécurité et dire: "Oh, la vaccination, ça arrive. Au cours du deuxième trimestre, nous recevrons de plus en plus de vaccins. Au troisième, nous aurons tellement de vaccins que n'importe qui pourra être vacciné."[…] On oublie que l'incidence augmentera dans les prochaines semaines. [...] Nous avons le B117 avec des preuves d'un effet accru de maladie. Les personnes diagnostiquées avec ce virus sont plus susceptibles d'être hospitalisées et de mourir. Ce sont tous des faits scientifiques objectivables.

[...] À l'heure actuelle, P1 et 1351, c'est-à-dire les variants du Brésil et de l'Afrique du Sud, se situent toujours dans la fourchette d'1 % ou moins malgré l'augmentation de B117 à plus de 90 % . Ils ne se sont pas du tout multipliés. C'est parce que nous n'avons pas d'immunité de la population pour le moment. Ce sont des variants d'Immune escape qui n'apparaissent que lorsque nous avons de l'immunité dans la population. Sinon, ils ne bénéficient pas de leurs mutations. Bien que le B117 soit un variant de fitness, il présente un avantage de réplication même sans Immune escape. Comme nous le savons maintenant, dix fois plus de virus sont excrétés. [...] Cela [que variants d’Afrique du Sud et du Brésil deviennent incontrôlables en Allemagne] doit être évité par une vaccination précoce. Malheureusement, nous avons des problèmes avec la livraison des vaccins. [...]


Troisième vague en Allemagne et occasions manquées

Schulmann: […] De nombreux auditeurs vous ont demandé une évaluation de la situation actuelle en Allemagne, qui est également liée à la question: quelle serait une bonne voie d'un point de vue épidémiologique? Nous entendons la science: nous sommes maintenant au milieu de la troisième vague. L'Association allemande des médecins de soins intensifs a une fois de plus mis en garde contre la surcharge des unités de soins intensifs. Les politiciens disent que nous sommes maintenant dans les pires mois de la pandémie. Les calculs sont en conséquence. Une modélisation réalisée par des chercheurs de la TU Berlin montre que les vaccinations, le temps plus chaud et les mesures actuelles ne pourront pas arrêter la troisième vague. Selon elle, nous serons à une incidence de 2000 en mai. Pouvons-nous encore arrêter la vague? Et si oui, comment?


Drosten: Bien sûr, nous pouvons arrêter cette vague. La seule question est: avec quelles mesures et à quel prix? C'est maintenant le moment où tout le débat social s'enflamme. Malheureusement, nous avons [...] des arguments de plus en plus éloignés des découvertes scientifiques. C'est le gros problème en ce moment. Bien sûr, la situation est malheureusement très grave et très compliquée. Je pense qu’on a manqué de nombreuses occasions d'optimiser les outils dont on disposait.

Et j'ai l'impression que pour le moment, nous devons encore utiliser les mêmes outils que ceux que nous avons utilisés lors de la première vague. Donc le maillet, le lockdown. Parce que nous avons eu beaucoup de débats publics trompeurs, parce que nous avons une bureaucratie presque impénétrable dans la mise en œuvre des mesures. Aussi, dans une certaine mesure, un désordre, peut-être, des structures de régulation qui n'ont pas reconnu que cette pandémie est une situation particulière. Et malheureusement aussi une mauvaise utilisation des arguments scientifiques dans le débat politique. Cela entre presque dans le domaine du déni de la science, des motifs classiques du déni de la science. Vous les connaissez déjà grâce au débat sur le climat. Tout le monde y contribue. Les médias, la politique. Et puis il y a certains groupes sociaux qui alimentent quelque chose comme ça. Tout cela a conduit au fait que le temps qui était déjà rare vis-à-vis de ce virus a en fait été gaspillé [...]. De sorte que, parce que nous n'avons pas développé et testé ces mesures, il ne nous reste pratiquement plus que le maillet. Je pense qu'il ne sera pas possible sans un nouveau lockdown de retarder cette dynamique qui s'est installée. Cependant, je ne sais pas si cet instrument sera finalement choisi ou si l'on continue d’agir qu'à un moment très tardif avec des arguments inappropriés pour se heurter ensuite à un réel problème.

[…] Il y a aussi des dommages à l'économie. Pour le moment, nous avons relativement bien réussi sur le plan économique. Ce sont les conséquences du lockdown efficace de la première vague. Cela nous a maintenus à une incidence de base faible tout au long de l'automne et de l'hiver, de sorte que nous pouvions agir avec des mesures que l'économie pouvait encore tolérer. Mais si à un moment donné nous entrons dans un moment où la population vote avec ses pieds et dit: j'ai peur de sortir parce qu'il y a eu des morts chez mes parents et amis. Les dégâts seront durables et ne pourront plus être contrôlés.


[….] (suit un long développement sur le thème de la désinformation, dont les caractéristiques sont résumées par l’acronyme PLURV : Pseudoexperten, Logikfehler , unerfüllbare Erwartungen an die Wissenschaft , Rosinenpickerei , Verschwörungsmythen – pseudoexperts = erreurs de logique, attentes vis à vis de la science ne pouvant être comblées, cherrypicking, mythes conspirationnistes)


Dynamique des contaminations


Il n'y a pas de « vague permanente »; il y a une condition endémique dans les infections respiratoires. On sait alors qu'il y a une saisonnalité: il s'agit d'une poussée d'activité infectieuse, principalement pendant les mois d'hiver. À propos, il y a aussi des activités saisonnières en automne, la grippe estivale avec des entérovirus. C'est typique en automne, après les vacances d'été. Aucun de ces virus n'a de vague permanente. [...] Dans le cas des vagues pandémiques également, nous avons des idées scientifiques sur la façon dont elles se produisent. Chez nous, ces vagues sont quelque peu artificiellement influencées par les mesures de lockdown. En épidémiologie des infections, cependant, on sait que les pandémies naturelles se déroulent également en plusieurs vagues. Pourquoi donc?

Parce que les réseaux de contacts dans les populations ne sont jamais totalement disponibles à un moment donné. Cela signifie que le virus a besoin de plusieurs tentatives pour utiliser pleinement les réseaux de contacts. Il arrive une première fois et infecte ceux qui sont en contact les uns avec les autres à ce moment-là. Ensuite, ils sont tous immunisés ou morts, puis le virus se calme car il n'y a plus de victimes d'infection disponibles. Puis la société se mélange à nouveau. La peur s'en va, vous repartez, de nouvelles personnes font connaissance, changent d’emploi etc.

Les gens voyagent, ce qui crée de nouveaux réseaux de contacts. Et après quelques mois, il y a suffisamment de «nourriture» disponible pour le virus. Les nouvelles personnes qui sont encore laissées comme des personnes vulnérables dans la société sont à nouveau en contact les unes avec les autres. Puis le virus peut recommencer. Puis les effets de percolation ou d'autres valeurs de seuil physiques sont à nouveau dépassés. Puis il y a la prochaine vague.


[…]


Effet protecteur du rhume ?


Schulmann: […] À la fin, nous voulons examiner l'affirmation selon laquelle un rhume normal pouvait offrir un certain niveau de protection contre l'infection par le SRAS-CoV-2. Il y a eu une nouvelle publication à ce sujet il y a une semaine.


Drosten: En principe, c'est comme ça: nous avons des barrières de défense dans notre muqueuse nasale ou dans notre gorge. Ces barrières de défense cellulaire sont le système immunitaire inné. Il s'agit d'une immunité qui s'applique à chaque agent pathogène sans avoir à connaître l'agent pathogène au préalable. Par exemple, le système interféron en fait partie. L'interféron est en quelque sorte ... Je ne veux pas dire une hormone, c'est faux. Mais c'est une cytokine, une petite substance biologique que les cellules fabriquent pour avertir les autres cellules que la cellule est sur le point d'être infectée. Il existe des mécanismes très bien connus dans la cellule. À quoi la cellule détermine qu'il se passe ici quelque chose qui n'appartient pas à son propre métabolisme.

Le virus arrive et attaque la cellule. Cela amène la cellule à envoyer un signal d'urgence à la zone environnante. Et nous le ressentons parfois comme un rhume ou une gorge irritée. Ce signal de détresse met les cellules de la membrane muqueuse du nez ou de la gorge dans un état d'alarme. Et la condition d'alerte empêchera l'infection virale de se propager. Cette condition d'alarme ne peut pas avoir lieu tout le temps, car elle s'accompagne de signes de maladie. Nous ne voulons pas nous sentir malades tout le temps. C'est pourquoi cela n'arrive qu'en cas d'infection. Mais c'est logique: si j'attrape un virus du rhume dans le nez et que j'ai un rhume, alors le virus du SRAS-2 aura des difficultés. Parce que ce "statut antiviral", qui est établi ici dans les cellules de la membrane muqueuse, repousse également le virus du SRAS-2. Nous savons bien que le virus du SRAS-2 est un de ces virus respiratoires très sensibles à l'interféron. C'est pourquoi il est tout à fait plausible pour moi qu'une personne qui a le nez qui coule ne soit pas susceptible de contracter une infection par le SRAS-CoV-2 pour le moment.

Les études devraient maintenant lentement être en mesure de le prouver avec le grand nombre d'infections que l'on a maintenant. Laissez-moi vous donner un autre exemple. Ce sont des effets si importants et si clairs que vous pouvez même les voir au niveau de la population. En 2009, lorsque la grippe H1N1 est apparue, la "grippe porcine": Nous avons vu un phénomène intéressant en Allemagne et dans d'autres pays d'Europe: la principale vague d'infection par cette grippe mexicaine ou grippe porcine est survenue en novembre 2009. Nous avons généralement chez les enfants en novembre le pic d'incidence du RSV, virus respiratoire syncytial, un virus respiratoire très fréquent chez les enfants. Les adultes le contractent aussi. Chez les enfants en particulier, nous avons généralement un pic de fréquence en novembre. En 2009, ce pic de fréquence a été reporté à janvier, février de l'année suivante: lorsque l'épidémie de grippe porcine a atteint les enfants. C'est cet effet de l'immunité innée qui était visible au niveau de la population. Et si des études montrent quelque chose comme ça pour le SRAS-2 au niveau de la population, je ne serais pas surpris.